检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的特异性PCR分子标记

摘要

本发明提供了检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的16个特异性PCR分子标记，分别为Si2925A、Si2925B、Si2926A、Si2926B、Si2927A、Si2927B、Si2927C1、Si2927C2、Si2927C3、Si2933A、Si2933B、Si2933C、Si2936、Si2939、Si2940、Si2946的PCR引物。利用这16个标记对水稻苗期所提取的DNA进行鉴定，可以检测待测材料是否转入水稻品种密阳46的高硅含量等位基因qHUS6，即是否具有提高水稻硅含量的能力，整个检测过程操作简单且准确性高。

主权项

检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6 的特异性PCR分子标记的引物组合物，包含16个特异性标记Si2925A、Si2925B、Si2926A、Si2926B、Si2927A、Si2927B、Si2927C1、Si2927C2、Si2927C3、Si2933A、Si2933B、Si2933C、Si2936、Si2939、Si2940、Si2946 的引物各一对 ：Si2925A 的上游引物序列为 5'‑TTGGCTAGCTTAACCTTCC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列 ；Si2925A的下游引物序列为5'‑GGCCATGTCAAATTAATAACCTC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:2 所示的核苷酸序列 ；Si2925B的上游引物序列为5'‑CATCTGTGTCACTGTTTGGCT‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列 ；Si2925B的下游引物序列为5'‑GGCCATGTCAAATTAATAACCTC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:4 所示的核苷酸序列 ；Si2926A的上游引物序列为5'‑TACGGATCATATCTTGGATGC‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:5 所示的核苷酸序列 ；Si2926A 的下游引物序列为 5'‑TAACATATCTGATCGGTGCCTA‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:6 所示的核苷酸序列 ；Si2926B的上游引物序列为5'‑TACGGATCATATCTTGGATGC‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:7 的所示核苷酸序列 ；Si2926B 的下游引物序列为 5'‑ACCAGGAATATCGGTGACCA‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:8 所示的核苷酸序列 ；Si2927A的上游引物序列为5'‑AGACCTGCCTAGCTGT‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:9的所示核苷酸序列 ；Si2927A 的下游引物序列为 5'‑AAAATGTTTGGCTAGCTTATGAGA‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:10 所示的核苷酸序列 ；Si2927B 的上游引物序列为 5'‑CATGCAGGCTCTTAAGTGT‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:11的所示核苷酸序列 ；Si2927B的下游引物序列为5'‑AAAATGTTTGGCTAGCTTATGAGA‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:12 所示的核苷酸序列 ；Si2927C1 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑AACATGAGAAAATAACTTGCACAT‑3'，所 述 核苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:13 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2927C1 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑TCATTCTGATAGCTTTGTCCC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:14所示的核苷酸序列；Si2927C2 的上游引物序列为 5'‑AACATGAGAAAATAACTTGCACAT‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:15的所示核苷酸序列；Si2927C2的下游引物序列为5'‑CCGTCATCGCCCGTTC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:16所示的核苷酸序列 ；Si2927C3的上游引物序列为5'‑AACTTGGGACAAAGCTATCAGA‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:17的所示核苷酸序列；Si2927C3的下游引物序列为5'‑CCGTCATCGCCCGTTC‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:18所示的核苷酸序列 ；Si2933A 的上游引物序列为 5'‑AGACGCTCATATTCAACAC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:19 的所示核苷酸序列 ；Si2933A 的下游引物序列为 5'‑TAAAGCGCAATCAGACT‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:20 所示的核苷酸序列 ；Si2933B 的 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑AGTACTACATACCCCTATCCAC‑3'，所 述 核苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:21 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2933B 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑AATATATGTATAGACCACGCGCACT‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:22 所示的核苷酸序列 ；Si2933C 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑GAAAATATATACTAGCAATCCTCGCAAA‑3'，所 述核 苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:23 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2933C 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑CATAGGCTTGCATCCAGACTC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:24 所示的核苷酸序列 ；Si2936 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑AAACTTAAAGAAATTTGACTATGAAA‑3'，所 述核 苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:25 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2936 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑AACAAGATCTGATCAACTTCAC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:26 所示的核苷酸序列 ；Si2939 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑GGTAAATTGTCTTTCCATACTATTG‑3'， 所 述核 苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:27 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2939 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑AATTATTTGGAGGAGCGTATC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:28所示的核苷酸序列；Si2940 的 上 游 引 物 序 列 为 5'‑ACACTCATTTCAAGATTCAACTT‑3'，所 述 核苷 酸 序 列 为 SEQ ID NO:29 的 所 示 核 苷 酸 序 列 ；Si2940 的 下 游 引 物 序 列 为5'‑GCCAATATAAACAAGGTTACTACTC‑3'，所述核苷酸序列为 SEQ ID NO:30 所示的核苷酸序列 ；Si2946的上游引物序列为5'‑ATGCCAATTGAGTTTCGTTCAC‑3'，所述核苷酸序列为SEQ IDNO:31的所示核苷酸序列 ；Si2946的下游引物序列为5'‑CATGACATCGACGCGAAGT‑3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:32 所示的核苷酸序列。