一种筛选与PRRSV感染和抗性相关的基因的方法

摘要

本发明提供了一种利用高通量测序结合生物信息学的方法筛选与蓝耳病毒（PRRSV）感染和抗性相关的基因的方法，所述方法包括（1）样品挑选；（2）提取样品总RNA；（3）Solexa文库构建；（4）测序；（5）FASTX检测过滤低质量Reads；（6）BWA0.5.8将Reads比对猪基因组，并计算每个基因的表达量；（7）DEGseq软件分析差异表达基因；（8）与PRRSV感染和抗性相关基因的获取。本发明的筛选与PRRSV感染和抗性相关的基因的方法为深入理解PRRSV对于猪的治病分子机制提供了重要的信息，并在此基础之上为寻找防治和治疗蓝耳病的新靶点提供了新的方法，继而为进一步研究蓝耳病的新的防治方法奠定了基础。

主权项

一种筛选与PRRSV感染和抗性相关的基因的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：（1）样品挑选：选取两个品种的对蓝耳病有抗性差异的35日龄猪，分别取两个品种猪在未感染PRRSV前的组织样和感染PRRSV后第5天的组织样，各组织样均存放在RNA保存液RNAlater中；（2）提取样品总RNA：提取RNA保存液RNAlater中的各组织样的总RNA；（3）Solexa文库构建：从总RNA中纯化mRNA，合成双链cDNA片段并进行纯化；（4）测序：将各组织样的cDNA片段用cluster station放入芯片中进行扩增，然后用genome analyzer II进行pair‑end测序；（5）利用FASTX检测过滤低质量Reads；（6）利用BWA0.5.8将Reads比对猪基因组，对单一比对上的序列进行注释，并计算每个基因的表达量，基因表达量用RPKM值表示，计算公式为：RPKM=比对上的reads数/总reads数/基因长度×10⁹；（7）利用DEGseq软件分析差异表达基因，符合P≤0.001，FDR≤0.001，|log2foldchange|≥1则为差异显著；（8）与PRRSV感染和抗性相关基因的获取：根据上一步标准所筛得的差异表达基因，获得两个品种感染前和感染后第5天的差异显著基因交集a和感染前两个品种间的差异表达基因集b，a与b的交集的基因即为与PRRSV感染和抗性相关的候选基因。