半目半目：高通量测序数据的平行比较分析

摘要

通过利用相对于参考基因组序列的子串的已知位置递增地同步序列串，在子串的比对基础上构成差异序列对象。然后生成输出文件，其包含关于仅参考基因组的相关变化。

主权项

一种获得差异基因序列对象的方法，所述方法包括：提供对遗传数据库的访问，所述遗传数据库存储(a)表示第一组织的第一基因序列串和(b)表示第二组织的第二基因序列串，其中所述第一和第二序列串具有多个相应的子串；提供对与所述遗传数据库连接的序列分析引擎的访问；通过利用多个相应的子串中的至少一个的已知位置递增地同步所述第一和第二序列串，利用所述序列分析引擎产生局部比对；通过所述序列分析引擎，利用所述局部比对生成所述局部比对中的所述第一与第二序列串之间的局部差异串；和通过所述序列分析引擎，利用所述局部差异串更新差异序列数据库中的差异基因序列对象。