一种利用单双链复合体解析真菌菌群结构的方法

摘要

本发明涉及一种真菌菌群结构的解析方法，更具体涉及一种利用单双链复合体解析真菌菌群结构的方法。所述方法的步骤如下：提取样品中微生物总基因组DNA；基于18SrDNA片段构建单双链复合体并进行DGGE或TGGE分析；割胶回收单双链复合体并将其扩增为完整双链；对扩增到的完整双链进行测序并将测定的序列提交到NCBI上利用Blast在GeneBank数据库中进行相似性搜索；最后根据相似性得分判断对应真菌的种属。本发明解决了DGGE和TGGE这两项技术应用于真菌菌群结构解析研究中的主要不足，可以在保证分离效果的同时得到更多的序列信息用于分子鉴定，因此将会获得更加精准的真菌菌群结构信息。本发明提出的单双链复合体策略，具有简便、快捷和重现性好的优点。

主权项

一种利用单双链复合体解析真菌菌群结构的方法，其特征在于：所述方法的步骤如下：提取样品中微生物总基因组DNA；基于18S rDNA片段构建单双链复合体并进行DGGE或TGGE分析；割胶回收单双链复合体并将其扩增为完整双链；对扩增到的完整双链进行测序并将测定的序列提交到NCBI上利用Blast在GeneBank数据库中进行相似性搜索；最后根据相似性得分判断对应真菌的种属；所述单双链复合体的制备步骤为：首先用磷酸化的引物扩增出大于1000bp的18S rDNA长双链片段；其次用Lambda核酸外切酶处理长双链片段，得到未被磷酸化的单链；最后以该单链为模板，采用单个引物进行一步延伸得到单双链复合体；用于DGGE 或TGGE分析时，单双链复合体的双链区不超过500bp。