抗菌肽抗菌活性预测方法及抗菌肽

摘要

本发明属于多肽设计领域，具体涉及多肽的抗菌活性预测方法及抗菌肽。本发明的目的是克服目前抗菌肽抗菌活性预测相对复杂，不具备操作性的缺点。本发明解决其技术问题采用的技术方案是提供抗菌肽抗菌活性预测方法。该方法获取已知的抗菌肽序列及其抗菌活性数据，计算得到每个氨基酸在每个位置时对整段抗菌肽活性的贡献值，根据该贡献值建立预测模型；最后将需要预测的多肽氨基酸序列代入标准预测模型，得到抗菌活性预测值。使用该活性预测方法可以预测随机获得的多肽的抗菌活性。本发明在此基础上获得了一类具有广谱抗菌活性的多肽，具有很好的应用前景。

主权项

抗菌肽抗菌活性预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、获取已知的抗菌肽序列及其抗菌活性数据，并对所有抗菌肽的抗菌活性数据采用抗菌活性标准化换算得到抗菌活性标准化数值，随机选取其中一部分的抗菌肽序列及其抗菌活性标准化数值作为训练集，将剩余部分的抗菌肽序列及其抗菌活性标准化数值作为测试集；步骤2、将训练集的抗菌肽序列转换为由氨基酸在抗菌肽中的位置及氨基酸名称构成的氨基酸矩阵；步骤3、根据训练集的抗菌活性标准化数值与氨基酸矩阵，计算得到每个氨基酸在每个位置时对整段抗菌肽活性的贡献值，根据该贡献值建立预测模型；步骤4、将测试集代入预测模型，计算得到预测活性值；步骤5、计算所有预测活性值与测试集的抗菌活性标准化数值的线性关系，比较其回归系数，选择至少两个回归系数最大的预测模型，作为标准预测模型；步骤6、将需要预测的多肽氨基酸序列代入标准预测模型，得到抗菌活性预测值。