一种建立蛋白样品SWATH离子库的方法

摘要

本发明提供一种新的离子库建立方法，该方法可以整合多针DDA质谱鉴定的结果，通过非标定量的肽段保留时间（SWATH RT）反矫正多针DDA中肽段保留时间的技术可以得到保留时间归一化后的多针DDA鉴定的数据，然后将这些多针DDA数据的肽段信息整合并建立新的离子库。在通过DDA鉴定可信度对离子库容量进行优化，最终可得到最优的库容量的离子库。

主权项

一种建立蛋白样品SWATH离子库的方法，其特征在于，所述方法包括：（a）获取所述蛋白样品的SWATH RT和所述蛋白样品的n个DDA数据；（b）将所述n个DDA数据进行检索以获取n种来源的DDA数据的保留时间（DDA RT‑n）；（c）将所述SWATH RT与每个所述DDA RT‑n进行回归分析，得到n个不同的回归公式y1=f(x1)，……,yn=f(xn)，其中y代表DDA RT‑n，x代表SWATH RT，并获得矫正后的DDA RT，记录为DDA RT‑C‑1，……，DDA RT‑C‑n；（d）用所述DDA RT‑C构建得到n个矫正后的离子库：离子库‑1，……，离子库‑n；和（e）将所获得n个矫正后的离子库合并，并且用鉴定得分标准优化扩容后离子库，得到不同容量的子库；其中n为大于等于1的整数，其中任选地，步骤（b）中的检索获得碎片离子质荷比、保留时间、可信度和或相对强度信息，并且将这些信息包含在所述步骤（d）中所获得的矫正后的离子库中。