基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法

摘要

本发明涉及一种检测RNA PAS（Poly A Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。

主权项

一种基于3T‑seq全基因组范围分析APA的方法，其特征在于，包括：（1）含有oligo dT引物的磁珠的制备；（2）用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；（3）逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；（4）在DNA水平移除Poly A结构；（5）末端修饰后连接测序接头；（6）文库回收及扩增。