一种基于DNA分子标签技术和DNA不完全打断策略的PCR测序方法

摘要

本发明提供了一种PCR测序方法，通过本专利中的引物标签+DNA不完全打断策略+二代测序技术(Pair-End测序技术)的组合在充分利用第二代测序仪高通量、低成本特点的同时，使测序仪能够测通的PCR产物长度超过测序仪本身测长以上，大大扩大了其适用范围。同时，本发明还提供了用于上述PCR测序方法的引物标签，以及该方法用于基因分型，特别是HLA分析的用途。

主权项

一种测定样品中目的核酸的核苷酸序列的方法，其包括如下步骤：1)提供n个样品，n为大于等于1的整数，所述样品来自哺乳动物；将待分析的n个样品分成m个小组，m为整数且n≥m≥1；2)扩增：对于每一个样品，使用一对或多对标签引物，在存在来自该样品的模板时，在适于扩增目的核酸的条件下进行PCR扩增，其中，每一对标签引物由包含引物标签的正向标签引物和反向标签引物构成，其中正向标签引物和反向标签引物所包含的引物标签相同或者不同；不同样品所用标签引物对中的引物标签彼此不同；3)混合：当n＞1时，将各样品的PCR扩增产物混合在一起；4)打断：将所得的扩增产物进行不完全打断，并进行纯化回收；5)测序：将回收的DNA混合物利用二代测序技术进行测序，获得打断后的DNA的序列；和6)拼接：基于每个样品独特的引物标签将获得的测序结果与样品一一对应，利用比对程序把各个测序序列定位到PCR产物的相应DNA参考序列上，通过序列重叠和连锁关系，从打断后的DNA的序列拼接出完整的目的核酸。