一种检测核酸降解组的通用探针芯片方法

摘要

一种检测核酸降解组的通用探针方法，包括如下步骤：1）采用生物信息学方法预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）设计一端部的部分核酸序列与目标核酸降解组mRNA断裂处的部分核酸序列互补的检测探针；3）将检测探针固定在生物芯片基质上形成生物芯片；4）提取待检测样本RNA，在其5’端接上一段接头，并进行反转录；5）采用与接头序列互补的正向引物以及与反转录产物部分互补的反向引物对反转录产物进行PCR扩增；6）将PCR扩增产物和通用报告探针混入杂交液中与生物芯片杂交；7）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。本发明能够高通量的检测小分子RNA介导的靶基因mRNA降解产物，且操作简便，价格低廉，具有高性价比，利于推广。

主权项

一种检测核酸降解组的通用探针芯片方法，其特征在于，它包括如下步骤：1）采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）提供检测探针，且至少所述检测探针一端部的部分核酸序列与目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补；3）将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片；4）提取待检测样本RNA，并利用RNA连接酶在其5’端连接一段接头，之后对该待检测样本RNA进行反转录；5）采用至少与所述接头中的部分核酸序列互补的正向引物以及至少与步骤（4）所得反转录产物的部分核酸序列互补的反向引物对所述反转录产物进行PCR扩增，并对PCR扩增产物进行纯化；6）将步骤5）所得PCR扩增产物和通用报告探针混入杂交液中与所述生物芯片杂交，其中，所述通用报告探针中至少部分核酸序列至少与所述待检测样本RNA接头中紧邻断裂处的部分核酸序列互补；7）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。