结核分枝杆菌利福平耐药突变可视化检测探针及其应用

摘要

本发明公开了一种结核分枝杆菌利福平耐药突变可视化检测探针及其应用。本发明针对利福平耐药突变，根据结核分枝杆菌利福平耐药的rpoB基因突变核心区所包含的突变位点设计合成检测探针簇，包括：共有的锚定探针A、绝缘探针L和R、突变检测探针B和共有的竞争探针SIB，探针B与和探针SIB具有相同的靶DNA互补区，仅突变位点的碱基种类不同。具体探针簇包含9个探针组，每个探针组含一种特定的突变检测探针B，此法设计的各探针组和探针簇对合成的野生型和突变型检测片段有良好的区分性，并能准确检测利福平耐药结核分枝杆菌rpoB基因525-529位氨基酸具体的突变位点，具有良好的应用前景。

主权项

结核分枝杆菌利福平耐药突变可视化检测探针，其包括 ：锚定探针，其 3’端含有 3 段 GGG 序列参与 G‑ 四链体形成，或其 3’端含有 1 段 GGG 序列参与 G‑ 四链体形成，所述锚定探针具有 SEQ ID No.2所示的核苷酸序列；竞争探针，其互补区与野生型靶序列完全互补，所述野生型靶序列的核苷酸序列如SEQ ID No.1 所示，所述竞争探针具有SEQ ID No.3所示的核苷酸序列；突变检测探针，其互补区与相应的突变型靶序列完全互补，其5’端具有1段GGG 序列参与 G‑ 四链体形成，或其 5’端具有 3 段 GGG 序列参与 G‑ 四链体形成 ，所述突变检测探针为SEQ ID No.4~12所示核苷酸序列中的一个或多个；绝缘探针，包括探针L和探针R，分别能结合在锚定探针靶向区域的上游和突变检测探针靶向区域的下游，和单链靶核酸形成稳定的双链，其核苷酸序列分别如 SEQ ID No.13 和 14 所示；所述锚定探针的互补区与靶序列上的与突变检测探针互补区段的下游互补，所述锚定探针与突变检测探针结合在相应的突变型靶序列上时，两者之间能够形成 G‑ 四链体。