基于HiSeq测序技术检测乙型肝炎病毒分型和耐药基因的方法

摘要

提供了HBV核酸样本突变位点类型的检测方法、PCR引物、标签引物及其试剂盒。其中，确定HBV核酸样本中突变位点类型的方法包括：使用第一引物组，对所述HBV核酸样本进行扩增，以便得到第一扩增产物；对所述第一扩增产物进行测序；基于测序结果，确定HBV核酸样本中是否存在突变，其中，所述第一引物组包含第一引物和第二引物，所述第一引物具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，所述第二引物具有SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列，所述第一引物的5’端进一步包含第一标签序列，所述第二引物的5’端进一步包含第二标签序列。利用该方法能够有效确定HBV核酸样本中是否存在突变。

主权项

一种非诊断目的的确定HBV核酸样本中突变位点类型的方法，其特征在于，包括下列步骤：使用第一引物组，分别对48个HBV核酸样本进行扩增，以便得到48份第一扩增产物，其中，所述第一引物组由第一引物和第二引物组成，所述第一引物具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列，所述第二引物具有SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列，针对每一个HBV核酸样本，所述第一引物的5’端和所述第二引物的5’端进一步携带有如下表1所示具有SEQ ID NO：5‑100所示核苷酸序列的48对标签序列的其中之一，且所述48个HBV核酸样本的标签序列相互不同，以便区分每一个HBV核酸样本；将所述48份第一扩增产物混合后进行测序，以便得到测序结果；以及基于所述测序结果和所述标签序列，确定所述HBV核酸样本中是否存在突变。表1Index编号正向index（SEQ ID NO：）反向index（SEQ ID NO：）PI‑1ATACTA（5）CAGTCT（53）PI‑2CATGTG（6）CTGAGA（54）PI‑3TCGATC（7）TCTCGT（55）PI‑4GTAGTG（8）TCTACG（56）PI‑5ACATCA（9）AGATGA（57）PI‑6ATGTCG（10）GACTGT（58）PI‑7CACACT（11）GAGCAG（59）PI‑8CAGATA（12）CGTGCA（60）PI‑9GCAGCT（13）ATACGT（61）PI‑10GTGACA（14）GCTCGA（62）PI‑11CTCATA（15）CGCTAC（63）PI‑12ATGCTC（16）ATGAGT（64）PI‑13CGTCTC（17）GTGCGA（65）PI‑14TCGTGA（18）CTACGA（66）PI‑15ACGCTG（19）TCTGCT（67）PI‑16ATCATC（20）CAGAGT（68）PI‑17TGACTC（21）CTCTGA（69）PI‑18AGCATG（22）TGTATG（70）PI‑19TAGTAC（23）AGTGAG（71）PI‑20GATATC（24）TCATGT（72）PI‑21ACATAG（25）ACAGTA（73）PI‑22GATACG（26）GCGACG（74）PI‑23CGTCGA（27）TGCATA（75）PI‑24ACACTC（28）CTGCTA（76）PI‑25CTATGC（29）GTCAGT（77）PI‑26GCGATA（30）ACGACA（78）PI‑27ACTAGT（31）AGTCTA（79）PI‑28CGTACT（32）AGATCT（80）PI‑29CTCTAG（33）GAGTAT（81）PI‑30AGTATC（34）TACTGC（82）PI‑31AGAGAC（35）ACACAT（83）PI‑32ATGTGA（36）TACGTA（84）PI‑33GCTGCG（37）GATCGC（85）PI‑34TAGAGC（38）GCGTGT（86）PI‑35ATGCAG（39）GAGTGC（87）PI‑36CGACAC（40）CGCAGA（88）PI‑37GTGTCT（41）CATCAC（89）PI‑38GTGCTG（42）CACGCA（90）PI‑39CTGACT（43）ACTGCA（91）PI‑40CTCGAC（44）CTCGTG（92）PI‑41CGTGAC（45）GTAGAC（93）PI‑42TCGCTA（46）GACGAT（94）PI‑43GCTCTC（47）TATGAC（95）PI‑44GTCATG（48）GTGAGC（96）PI‑45CTGTGT（49）TACGAG（97）PI‑46GCAGAG（50）ATAGCT（98）PI‑47TATCAG（51）GTATGT（99）PI‑48CTAGTA（52）GATCTA（100）