一种异源六倍体遗传连锁分析方法

摘要

本发明公开一种异源六倍体遗传连锁分析方法，其推导是基于异源多倍体减数分裂过程中染色体的优先配对现象；优先配对包括三种类型；分别获取：六条染色体两两优先配对的1种情况，六条染色体中的两条染色体优先配对且其他四条染色体自由配对的6种情况，六条染色体全部随机配对的8种情况；生成基于异源六倍体优先配对因子的分子标记共分离基础模型，并建立共分离概率矩阵；根据概率矩阵中的每一个元素，构建过渡矩阵；统计实际数据中每一种配子的真实数量，并根据可能的配子情况统计出M矩阵；根据总概率矩阵、过渡矩阵、M矩阵计算异源六倍体减数分裂过程中优先配对因子的估算值；通过不断迭代重新计算重组率r；以此构建异源六倍体遗传连锁图。

主权项

一种异源六倍体遗传连锁分析方法，其特征在于，包括：步骤1、根据异源六倍体的六条染色体两两优先配对、两条优先配对四条随机配对、六条全部随机配对的三种配对方式，分别获取：六条染色体两两优先配对的1种情况，六条染色体中的两条染色体优先配对且其他四条染色体自由配对的6种情况，六条染色体全部随机配对的8种情况；步骤2、根据步骤1的三种配对方式，确定每种配对方式的单个亲本的三倍体配子；步骤3、针对每一种配对方式中的每一种情况分别构建每一种配子产生的概率矩阵作为概率表；针对每一种情况的每一种配子产生的概率表，计算每一种配对方式中的全部配子的概率总表，作为六倍体优先配对因子估算的基础模型；根据每种配对方式的配子的概率总表，计算每一优先配对情况下的配子产生概率，并针对所有配子生成总概率矩阵；步骤4、根据总概率矩阵中的每一元素，构建过渡矩阵；统计实际数据中每一种配子的真实数量，并根据可能的配子情况统计出M矩阵；通过迭代重新计算重组率r；步骤5、根据总概率矩阵、过渡矩阵、M矩阵计算六倍体减数分裂过程中优先配对因子的估算值。