用于分析核酸混合物的探针、文库和试剂盒及其构建方法

摘要

本发明涉及用于检测、分类或定量复杂的核酸混合物，例如转录物组中的成分的核酸探针、核酸探针文库和试剂盒、以及它们的使用方法。本发明还涉及鉴定可用于该探针文库的核酸探针的方法和鉴定可用于检测给定核酸的手段的方法。

主权项

选择可用于寡核苷酸探针文库中的寡核苷酸序列的方法，包括a)提供具有预定核苷酸数目N的所有可能寡核苷酸的第一集合，其中所述寡核苷酸具有8‑9个核苷酸的长度和至少50℃的熔解温度T_m，b)提供靶核酸序列的第二集合，所述第二集合是从ENSMEBL得到的人转录物组序列，c)针对所述第一集合的每一个成员，分别从所述第二集合中鉴定和存储包括与所述第一集合的该成员互补的序列的成员的数目，d)选择在步骤c的鉴定中与步骤c中鉴定到的最大数目的所述第二集合的成员匹配的所述第一集合的成员，e)将步骤d中选择的成员添加至由选出的、可用于所述寡核苷酸探针文库中的寡核苷酸组成的第三集合中，f)从所述第一集合中扣除步骤d中选择的成员以提供修订的第一集合，m)重复步骤d至f，直到所述第三集合的组成成员组合在一起可以与来自步骤b的靶核酸序列集合中的至少30％成员互补为止，1)其中每个探针的靶存在于所述人转录物组内序列的至少6％中，2)这些寡核苷酸不是自身互补的，3)探针与其靶序列形成的双螺旋的T_m值为60℃或更高，并且所述寡核苷酸当组合在一起时覆盖人类转录物组中>98％的mRNA，并且4)所述文库包含说明书表1所列的序列得到的探针。