基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法

摘要

本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De Bruijn图中对交叉双向边进行统计；步骤C：在所述多步双向De Bruijn图中基于变长kmer查询的双向边扩展。本发明只针对De Bruijn图上已经存在的分叉边构造变长的kmer组合，并在输入序列中查询其出现次数，然后根据其次数选择双向边的合并；选择最优的分叉边的合并，将双向边的错误合并的可能降到最低；可以显著提高contigs的长度，也能够将contig的质量损失降到最小。

主权项

一种基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法，其特征在于，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De Bruijn图中对交叉双向边进行统计；步骤C：在所述多步双向De Bruijn图中基于变长kmer查询的双向边扩展。