西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记

摘要

本发明属于基因序列及其获取方法领域，具体涉及西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记及其获得方法。所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记，具有序列表中的SEQ ID NO:1~8的核苷酸碱基序列。该获取方法包括如下步骤：A、供试材料选取，B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1的初步定位，C、候选SNP的获取，D、获得与西瓜抗枯萎病基因Fon-1的紧密连锁的SNP位点，并对所述的候选SNP位点进行验证。本发明利用系列标记对F2代分离群体及自然群体表型鉴定及分子检测，确认所述系列SNP位点与目的性状的紧密连锁程度；利用上述SNP位点分别设计标记，可以利用上述标记对品种进行初期筛选，达到分子辅助育种的目的，大大缩短育种周期，具有重要的科研意义。

主权项

西瓜抗枯萎病基因Fon‑1连锁的SNP位点及标记的获取方法，该标记的核苷酸碱基序列为以下四组：第一组为：序列表中的SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2，,，第二组为：序列表中的SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4，第三组为：序列表中的SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6，第四组为：序列表中的SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8；该获取方法包括如下步骤：A、供试材料选取：选取供试材料；B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon‑1的初步定位：对所述供试材料进行苗期抗病接种鉴定，得到抗、感池材料；利用集团混合分析法，提取其基因组DNA，构建抗、感DNA池，对西瓜高密度遗传图谱中的SSR/Indel标记以及根据父母本基因组重测序信息中的差异位点自行设计dCAPS标记进行筛选，获取与目标性状连锁的标记；再对所述的与目标性状连锁标记进行遗传连锁分析，并结合西瓜高密度遗传图谱信息，初步定位目标基因Fon‑1区间；C、候选SNP的获取：利用西瓜全基因重测序结果，对西瓜重测序材料在初步定位基因区间内进行基因组序列比对，获取与西瓜材料表型性状完全符合的候选SNP位点；D、获得与西瓜抗枯萎病基因Fon‑1的紧密连锁的SNP位点，并对所述的候选SNP位点进行验证：针对所述的候选SNP位点分别设计CAPS/dCAPS标记，在验证材料中验证所述的候选SNP位点，获得与西瓜抗枯萎病基因Fon‑1的紧密连锁的系列标记。