增强子在全基因组相互作用研究方法

摘要

本发明涉及一种增强子在全基因组相互作用研究方法，属于基因技术领域。该方法步骤为：(1)数据转换：采用UCSC网站liftover软件把增强子数据转换成hg18，对1760个增强子长度和分布进行统计分析。(2)数据过虑：过虑掉两个染色质片段距离小于100kb的数据，得到hESC细胞系、IMR90细胞系以及它们的重复实验基因表达数据，求平均值。(3)数据注释：将过虑好的数据比对到增强子数据中，统计不同细胞能捕获到的增强子数。(4)结果分析：比较增强子在全基因组范围相互位点数据。本发明能很好地得到细胞核内染色质三维构象的信息，能知道基因的表达调控信息，鉴定一些未知调控序列，这些技术在鉴定全基因组上的长距离作用起着十分重要的作用。

主权项

一种增强子在全基因组相互作用研究方法，其特征在于：具体包括以下步骤：(1)数据转换：采用UCSC网站liftover软件把增强子数据转换成hg18；对1760个增强子长度和分布进行统计分析得到统计分布图，从中发现，增强子的长度大多小于2kbp，在各染色体上的分布不均匀；(2)数据过虑：过虑掉两个染色质片段距离小于100kb的数据，得到hESC细胞系、IMR90细胞系以及它们的重复实验基因表达数据，求两个数据的平均值作为基因表达的量；根据基因或者转录本的表达量，把基因分为：低表达(表达值＜50)、中表达(50＜表达值＜＝500)、高表达(表达值＞500)，针对每类基因数量进行统计；(3)数据注释：将过虑好的数据比对到增强子数据中，统计不同细胞实验能捕获到的增强子数，发现测序读序(read)数越多能捕获到的增强子也越多，但是当测序读序数达到一定数量时，增加大量的测序读序似乎对于捕获增强子的作用不显著；(4)结果分析：比较4组增强子在全基因组范围相互位点数据，在较大片段范围内(IMbp)，四个实验组数据重合度比较高，在更精细的范围内(1kb)，4个实验组数据有着较大的区别，但是同一细胞系的重复试验差别小于不同细胞系；将与增强子作用的位点进行注释，得到相应数据，与增强子作用次数最多的是基因(Genes，大约占0.39％)，其次是重复序列序列(大约占0.20％)，再次是基因上游20K的位置(Up20k，约占17％)，再次是基因组其他序列(N0，约占13％)，再次是基因下游的20K(Down20k，约占9％)，最少的增强子(Enhancer，约占0.2％)；在4个实验中，重复序列L1和增强子相互作用频率是最高的，L1是一个富含AT的重复序列，包含了RNA聚合酶III的内部启动子；另外在基因上游20K区域也是个高频区，大多数的基因的启动子都位于这个区域，很多增强子都是直接与启动子相互作用，从而调节基因的表达。