主权项 |
一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法,步骤如下:1)乙酰化修饰肽段的数据库检索:步骤1、利用开源软件ProteoWizard将质谱采集的原始数据转化为可视化的mgf格式的数据;步骤2、利用MASCOT以及pFind检索程序进行数据库检索,筛选假阳性概率FDR值小于1%的乙酰化修饰肽段;2)蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估:步骤1、质谱峰选择:使用perl语言程序编写的程序,处理质谱标准数据格式文件,选择质谱有效峰,过滤噪音基线;在二级质谱数据中,采取每100个质荷比区间,选取四个最高的二级质谱峰策略,过滤数据;步骤2、蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估:使用perl语言程序编写的蛋白质乙酰化修饰位点重新定位与评估程序,处理MASCOT以及pFind数据库检索结果文件,通过解析MASCOT以及pFind数据库检索结果文件,获取所有乙酰化肽段信息,包括乙酰化肽段谱图名称,乙酰化肽段序列及分子量,乙酰化修饰位点数,乙酰化肽段价态,根据文献中报道的评估乙酰化修饰位点方法,结合上一步过滤的数据以及乙酰化肽段信息,重新计算匹配的b或y系列离子,采用以下公式对修饰位点进行新的打分计算:p_value= (k!/(n!(n‑k)!) * pk* (1‑p)(n‑k) = (k!/(n!(n‑k)!) * 0.04k * 0.96(n‑k)Score = ‑10*Log10(p)其中n为乙酰化肽段所有匹配的b或y系列离子数,k为所有匹配的有乙酰化修饰的b或y系列离子数;p_value为重新定位后的乙酰化修饰位点可信度值,Score为重新定位后乙酰化修饰位点对应的得分;对数据库鉴定到的蛋白质乙酰化修饰位点进行重新定位和评估;3)蛋白质乙酰化修饰位点对应谱图的提取:步骤1、采用上述步骤2)中相同方法选择有效质谱峰,使用perl语言程序编写程序,处理质谱标准数据格式文件,选择质谱有效峰,过滤噪音基线;在二级质谱数据中,采取每100个质荷比区间,选取四个最高的二级质谱峰策略,过滤数据;步骤2、蛋白质乙酰化修饰位点对应谱图的提取:使用perl语言程序编写的蛋白质乙酰化修饰位点谱图提取程序,利用乙酰化修饰位点定位方法,将重新匹配的b或y系列离子以及重新定位的乙酰化修饰位点注释谱图,并自动提取重新定位的蛋白质乙酰化修饰位点对应的谱图,最终获得到高分辨率的质谱图。 |