用于溃疡性结肠炎和相关疾病的抗TNF治疗的生物标记物

摘要

本发明提供了用于评估靶向疗法的适用性和/或有效性的方法和试剂盒，该靶向疗法用于受试者的与TNF介导相关的疾病，例如溃疡性结肠炎，其中所述方法和试剂盒评价了在炎性肠胃疾病例如溃疡性结肠炎中与抗TNF响应者相关的两个或更多个基因表达量上调或下调的存在、不存在和/或程度。

主权项

1.包含编码一部分的BCL6（基因库登录号AW264036；SEQIDNO：118）和tx82a04.x1（基因库登录号AI689210；SEQIDNO：123）的核苷酸序列的标记基因在制备用于预测用抗TNF疗法治疗受试者所患的与TNF介导相关的疾病的适用性的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括：a)用从所述受试者获得的样本制备核酸样品；以及b)用杂交到BCL6（基因库登录号AW264036；SEQIDNO：118）和tx82a04.x1（基因库登录号AI689210；SEQIDNO：123）的标记核酸片段群测定所述样品，其中所述基因的下调与治疗炎性肠胃疾病的疗效相关。2.根据权利要求1所述的用途，其中所述测定还包括测定与选自以下的成员进行的核酸杂交：C5AR1（基因库登录号NM001736；SEQIDNO：119）、FOLR1（基因库登录号U81501；SEQIDNO：142）和OSM（基因库登录号A1079327；SEQIDNO：173）。3.根据权利要求1所述的用途，其中所述测定还包括测定与选自SEQIDNO：110至203的基因进行的核酸杂交。4.根据权利要求1所述的用途，其中所述抗TNF疗法选自英夫利昔单抗、戈利木单抗、Enbrel和Humira。5.根据权利要求1所述的用途，其中所述炎性肠胃疾病选自克罗恩氏病、炎性肠疾病和溃疡性结肠炎。6.根据权利要求1所述的用途，其中所述炎性肠胃疾病选自轻度、中度、重度、小儿或成人类型。7.根据权利要求4所述的用途，其中抗TNF抗体为戈利木单抗或英夫利昔单抗，并且所述与TNF介导相关的疾病是溃疡性结肠炎。8.根据权利要求1所述的用途，其中集合是选自SEQIDNO：1至109的核酸片段的阵列。9.包含编码一部分的BCL6（基因库登录号AW264036；SEQIDNO：118）和tx82a04.x1（基因库登录号AI689210；SEQIDNO：123）的核苷酸序列的标记基因在制备用于预测用抗TNF疗法治疗与TNF介导相关的患者疾病的适用性的基于阵列的测试方法的试剂盒的用途，所述方法包括：a)用取自所述患者的样本制备核酸混合物；b)用杂交到BCL6（基因库登录号AW264036；SEQIDNO：118）和tx82a04.x1（基因库登录号AI689210；SEQIDNO：123）的标记核酸探针群测定所述样品，其中所述探针包括SEQIDNO：37和SEQIDNO：41，其中所述基因的下调与治疗炎性肠胃疾病的疗效相关。10.根据权利要求9所述的用途，其中所述测定还包括测定C5AR1（基因库登录号NM001736；SEQIDNO：119）、FOLR1（基因库登录号U81501；SEQIDNO：142）或OSM（基因库登录号A1079327；SEQIDNO：173）。11.根据权利要求9所述的用途，其中所述测定还包括测定SEQIDNO：110-203的基因中的一个。12.根据权利要求9所述的用途，其中所述抗TNF疗法选自英夫利昔单抗、戈利木单抗、Enbrel和Humira，或另一抗TNF生物制剂或小分子药物。13.一种预后或诊断用途的试剂盒，包含寡核苷酸、或与编码标记基因的多核苷酸互补的寡核苷酸或其互补链以及表达所述标记基因的细胞，其中所述标记基因包括编码一部分的BCL6（基因库登录号AW264036；SEQIDNO：118）和tx82a04.x1（基因库登录号AI689210；SEQIDNO：123）的核苷酸序列。14.根据权利要求13所述的试剂盒，其中所述标记基因还包括C5AR1（基因库登录号NM001736；SEQIDNO：119）、FOLR1（基因库登录号U81501；SEQIDNO：142）或OSM（基因库登录号A1079327；SEQIDNO：173）。15.根据权利要求14所述的试剂盒，其中所述标记基因还包括在SEQIDNO：110-203中列出的基因，并且所述寡核苷酸包含SEQIDNO：1-109中任意一个的探针。