对多能干细胞的效用和安全性进行表征的功能基因组学研究

摘要

总体上，本发明涉及用于多能干细胞的参比数据集或“记分卡”；以及生成用于对多能干细胞系在期望用途中的功能性和适用性进行预测的记分卡的方法、系统和试剂盒。在一些方面，用于生成记分卡的方法包括使用选自于如下分析中的至少2种干细胞分析：表观遗传分析、分化分析以及基因表达分析，以对多能干细胞系在期望用途中的功能性和适用性进行预测。在一些实施方式中，可将记分卡参比数据集与多能干细胞数据进行比较，以有效且准确地对所述多能干细胞在给定应用中的效用进行预测；以及对所述多能干细胞的特异性特征进行鉴定，以测定它们在下游应用中的适用性，例如，它们在例如治疗用途、药物筛选和毒性分析、向期望细胞谱系分化等方面的适用性。

主权项

用于对多能干细胞系进行选择的方法，所述方法包括：a.对所述多能干细胞系中目标基因集的DNA甲基化进行测量，并进行所述DNA甲基化数据与相同目标基因的参比DNA甲基化数据的比较；b.通过所述多能干细胞的不定向分化或定向进化对所述多能干细胞系的分化潜能进行测量，通过对多种谱系标志物基因的基因表达和/或DNA甲基化进行测量来进行所述测量；并进行基因表达差异和/或DNA甲基化差异与相同谱系标志物基因的参比基因表达差异和/或DNA甲基化差异的比较；c.选择如下多能干细胞系：相比参比DNA甲基化水平而言在所述目标基因的DNA甲基化上无统计学显著量差异的多能干细胞系，以及相比参比分化潜能而言在沿中胚层谱系、外胚层谱系和内胚层谱系分化的倾向上无统计学显著量差异的多能干细胞系；或者舍弃如下多能干细胞系：相比参比DNA甲基化水平而言在所述目标基因的DNA甲基化上有统计学显著量差异的多能干细胞系，以及相比参比分化潜能而言在沿中胚层谱系、外胚层谱系和内胚层谱系分化的倾向上有统计学显著量差异的多能干细胞系。