一种用于检测ROS1基因不含重复序列的FISH探针、试剂盒及其检测方法

摘要

本发明属于生物技术领域，公开了一种用于检测ROS1基因不含重复序列的荧光原位杂交探针、试剂盒及其检测方法。以人工构建的基因序列或者大小为30～1000kb的ROS1基因为模板，对ROS1基因中的非重复序列进行聚合酶连反应，扩增产物为350～800碱基对大小不等的DNA片段，消除ROS1基因中的重复序列，从而形成不含重复序列的产物，产物经过荧光标记后获得ROS1基因不含重复序列荧光原位杂交探针，用于ROS1基因荧光原位杂交检测。本发明获得的ROS1基因荧光原位杂交探针可消除重复序列，显著降低ROS1基因荧光原位探针的非特异性背景信号，提高荧光原位杂交探针的特异性。

主权项

一种用于检测ROS1基因不含重复序列的FISH探针，其特征在于，所述FISH探针DNA以ROS1基因为模板，利用65对PCR引物组或与引物组具有同一性的核苷酸序列，进行PCR扩增反应制备得到，所述65对PCR引物组为：1F:  5'  ATCCATCAGCTACTCCTCCAAT  3'1R:  5'  AACCTCCTTTACCCAGTCCTCT  3'2F:  5'  CTTTGTTGAGTTGCCTTCC  3'2R:  5'  TGCAGCACATGGCTTCTA  3'3F:  5'  GAATGGGGAATGAGTGGA  3'3R： 5'  TTGCAACCGAGTGCTTAA  3'4F:  5'  TCTGTGGTGGATGCAATT  3'4R:  5'  ATCTGGCAGTTATGTAGG  3'5F： 5'  GAGATTAGGGAAGAGTGTTGA  3'5R:  5'  CGGGCTGAGTGAAATGACC  3'6F:  5'  AACTGACCAATGCCACAG  3'6R:  5'  CTTCCAGCAAGGATAAATG  3'7F:  5'  GGTTTTATTACTGTTCTGC  3'7R:  5'  CACTTCCCTACCCTCTAT  3'8F:  5'  CCCCAAACTGTCTACCTAT  3'8R:  5'  AACCTTCCGTGACCTCTA  3'9F:  5'  GCTCCCTTGTTTCTGTTG  3'9R:  5'  ATGTGCCTCTTCCTTCTC  3'10F: 5'  GGGTGGAGGTGAGGGTTGC  3'10R: 5'  AGTTTGATTTCCTAAAGGTGT  3'11F: 5'  TGTAAATTCCTTAAATCCAACC  3'11R: 5'  CTTCCTGCTGTCTTTCAACT  3'12F: 5'  AGCTTATCAGCAAAACCAG  3'12R: 5'  GCTACAGCCAACCTCACA  3'14F: 5'  TTATTTGGTCCGTGTCTGG  3'14R: 5'  TCTACTATTGCTGTGCATCTT  3'15F: 5'  TATGAAAGGACATTATTCCAAAG  3'15R: 5'  TCTGAACCCAACTACCCAGAC  3'16F: 5'  TACAGAATGTTGCCCTATC  3'16R: 5'  TCCAATCTTGGTGACCCT  3'17F: 5'  TTCAAGCCTAGAAGCCTTAG  3'17R: 5'  TCCCAGCACTGTTGGATA  3'18F: 5'  AACTTGCTTCAATGGTGG  3'18R: 5'  CAAATGATCTGACAGCCTAG  3'19F: 5'  CTAATAAAGACATCGTAAACACC  3'19R：5'  GCCTGACCCATACCTGCTGACC  3'20F：5'  TATAGAGCAGGGTTAAGGT  3'20R：5'  ATGATTGGAGGTAGGAAG  3'21F：5'  TCAGGGATACTTGTTGGC  3'21R：5'  ATTTGGCTGTGAAGGAGA  3'22F：5'  GCAGAAGCTGTGCGTATT  3'22R：5'  CTCACTGGCTCCTATGGC  3'23F：5'  CTGGCAGAACTGGACCTA  3'23R：5'  GAAGAAACCCGTAAAGAAT  3'24F：5'  AGAGTTTGCTTTCCCTGAT  3'24R: 5'  GTGAGATGGCATTGGTAG  3'25F: 5'  CACAGACATTGTTACCCACG  3'25R: 5'  CACCACCTGATTCAAAGCT  3'26F: 5'  ATGTCTAATCTATCTGACTCCCTT  3'26R: 5'  TCATCATCCCATTCCTCCAACTG  3'27F: 5'  CACATCTTTCACTGGCTCA  3'27R: 5'  TGCAACCCAAAACATTCT  3'28F: 5'  GGTAAGTAGAGTCCCTCAAAG  3'28R: 5'  GACAATGCTAATGTGGAAGAT  3'29F: 5'  TGACTAACCAAGAGTAGGAGG  3'29R: 5'  AACAGCCAGGCATAACAAGC  3'30F: 5'  TCATGGCTACCACATTTAA  3'30R: 5'  GCACAACCTGGATTCTCA  3'31F: 5'  CAGCCCTTCCACCACTCC  3'31R: 5'  TTGGGTTAAGATTAAACTCACT  3'32F: 5'  CTAACTGCTGTGCTGGAT  3'32R: 5'  AGTCATTGAAAGGGTATTG  3'33F：5'  CCTAATGTAAGAAGGCCTGGAGAT  3'33R：5'  CTCCCCGTAAAATGCAACATTC  3'34F：5'  GTCTGCCACCCTGTCAATAATTTAG  3'34R：5'  GCTCCAAAACACTCCCCAAGATGC  3'35F：5'  ACTTAATTGTTGCCACGGAGAAC  3'35R：5'  AGAGCTAGAGCGATTGTGCAAGT  3'36F：5'  GGAAATAAGATGCTTAGGGCTCTT  3'36R：5'  GCCGATGATTTCTCAATAGATGTG  3'37F：5'  CATTTGTCCCTCACAGTCATTAGC  3'37R：5'  GGTCCTGGAAACAACTTGATTTG  3'38F：5'  TTAACAGCAGGAAAAACCCTTGT  3'38R： 5'  GCAGGTTTCCCATGTCTAAAGTT  3'39F：5'  GGCGAATACTTTACCTCCATCTG  3'39R：5'  ATGCTGGTCTGGTCTGGGAAT  3'40F：5'  TAAAGCAGGCCATTGTCTCTGTT  3'40R：5'  GGGTCTTACACCAGTTAGCCAACT  3'41F：5'  ATCACCAGCCCTACTCCAACAT  3'41R：5'  CCGTTCCATCACTAAGACAACTG  3'42F：5'  GAACATTTACCACCAGGAAAAGAG  3'42R：5'  GCGTTTGGGTTGAAGAGTAATC  3'43F：5'  AGAGGCAGTGCAGCTCATTAATAC  3'43R：5'  CTGTAGCTCAACCCAAAATCTGAT  3'44F：5'  GAGATCTAGACAGATGCCAGATGTC  3'44R：5'  ATCGAAACTTCATCTTGTGCTCTAG  3'45F：5'  CATTCCCTTATTCCCCTTTCTTAC  3'45R：5'  TGTTCATGGGAGAAGCTCAAAGT  3'46F：5'  GTTCTTTGCTCAATTCCTAGACGTT  3'46R：5'  CCTTCTAAGCCAGTTATGGTTCAC  3'47F：5'  CTAATGCTTTGCTCAGGATGGT  3'47R：5'  GGCTCGTTGCTTCCTTTTGTA  3'48F：5'  GGCTCCATGCCTCACTAG  3'48R：5'  TGGTAACATACCTCCAAC  3'49F：5'  GGCTGTTCACAATCTGTT  3'49R：5'  ATTCTAGGCTGAGGCAAA  3'50F：5'  ATTGCCATTATACTGAAAGC  3'50R：5'  CAGCTCAGCCAACTCTTT  3'51F：5'  ATTGCCCACAAAACCTTC  3'51R：5'  TGCATTGCCTCAACACTT  3'52F：5'  CTGGTATGGGTAAGAAGT  3'52R：5'  AAGAGGTAATATGGCAAC  3'53F：5'  GGGGTATGAAAAGTGAAG  3'53R：5'  TAAAAGGAGACTTAGGAAGC  3'54F：5'  AGCCCAGAGGAAGGAGTGATT  3'54R：5'  GGGTCACTGGTTCCTGTGTACAT  3'55F：5'  GACCAGTGTAACGGAAGC  3'55R：5'  AATGGCACTCTGTCTTGC  3'56F：5'  CTATTCCTGGGTCTCAGCAGTTTAT  3'56R：5'  CCACTGTAGGCCTCCATTATCTAAG  3'57F：5'  AAGCCTTCCTATCACCTTTGAAGT  3'57R：5'  GGCCAGGATTCGCTAAAGTTAC  3'58F：5'  TGGAGCAGAAAAAGGTAGACAAGT  3'58R：5'  AAGGGCAGGAATGCTCTGAAC  3'59F：5'  GGGATAGAATGGTGACAAGGACAT  3'59R：5'  TGCACATCACTCACTCATTCTACCT  3'60F：5'  CCGAACTGAAATATGACCAACCTT  3'60R：5'  GGATATGGCATACAAACTCCACTTC  3'61F：5'  AAGGCAGTGAATAGAGCCCTCAT  3'61R：5'  CCGGCTAATCCAGAATTCAATAAG  3'62F：5'  CCTTTTCCCACCATCTACTTATCC  3'62R：5'  CATTTATGACTCCACTGTTGTTTGC  3'63F：5'  CCCACTCTGATCATGTAACTTCTTC  3'63R：5'  GCGTTCCAAGAGAAAGAAATACTC  3'64F：5'  CGGGCTGTAGATTCTGTAGTAGGTT  3'64R：5'  GAGTGTGACCAATAACCCTCCAAT  3'65F：5'  GGCTATCTTGTTCTTCAGCAGTTC  3'65R：5'  GTCTAGCAGGGAAGCAGACCAT  3' 。