基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法

摘要

本发明公开了一种基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法。该方法首先构建BAC文库并构建BAC克隆DNA混合池，再对混合池DNA进行高能量测序；解析出克隆的特征序列集合与k-mer集合，利用克隆的特征序列构建出克隆重叠群，利用克隆重叠群上将克隆k-mer集合分割成小的k-mer集合，将混合池的NGS序列组装后的序列定位到克隆重叠群上；根据组装后序列与混合池的NGS序列双末端比对结果连接定位后的序列，并确定它们的方向；最后利用分子标记确定克隆重叠群的相对位置与方向，将克隆重叠群的序列连接成整条染色体序列，得到全基因组序列。本发明利用NGS高通量测序技术与克隆DNA混合池，不仅构建出全基因组的物理图谱，同时将拼装后的序列定位到物理图谱上，实现两者的整合。

主权项

1.基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法，其特征在于：包括以下步骤：1）提取全基因组DNA，构建BAC文库；2）构建BAC克隆混合池；3）提取BAC克隆混合池的DNA；4）对步骤3）中的BAC克隆混合池的DNA利用NGS进行双末端测序；5）扫描各个混合池的序列，获得各个混合池的特征序列集合与k-mer集合；6）根据混合池的特征序列集合与k-mer集合，解析出各个克隆的特征序列集合与k-mer集合；7）利用克隆的特征序列集合构建克隆重叠群；8）利用克隆重叠群将克隆的k-mer集合分割成小的k-mer集合并定位到克隆重叠群上；9）对步骤4）中混合池的NGS序列进行拼装得到序列重叠群；10）将序列重叠群定位到克隆重叠群上，并利用测序的双末端信息连接序列重叠群，确定它们的方向，得到克隆重叠群的序列；11）利用分子标记确定克隆重叠群的相对位置与方向，将克隆重叠群的序列连接成整条染色体序列，得到全基因组序列；其中，关于克隆特征序列集合与k-mer集合的解析的总算法如下：某一物种BAC文库的克隆总数为a，构建的混合池总数为x，则；第κ维，索引为λ混合池的k-mer集合表示为：P_(κ,λ)；包含某一给定克隆的混合池的k-mer集合为：{P_(δ)|δ<m, P_(δ)∈P}；包含同一克隆的混合池的k-mer集合的交集，即克隆的IKS为：某一克隆在混合池中的排除并集EUKS为：；某一克隆k-mer集合的所有排除并集的交集为：；某一克隆的最终k-mer集合FKS为：CF=C_x-CI_x。