用于序列解析性生物检测及鉴定的遗传靶的设计和选择

摘要

如下是一种计算机执行的方法。提供与生物列表中一种或多种生物相关的靶序列列表。提供疑似与一个或多个所述靶序列杂交的候选原型序列列表。生成与每个候选原型序列相对应的探针集合，每个探针集合具有针对每个子序列的探针组，所述的子序列具有相应候选原型序列的预定、固定的子序列长度。所述探针组由相应子序列和通过变动相应子序列的核苷酸所形成的相应子序列的每一变异组成。生成与每个靶序列相对应的片段组，每一片段组包含具有相应靶序列的预定、固定片段长度的每个片段。计算每个片段与该片段的完全互补性序列的结合自由能。若任何结合自由能高于预定的固定阈值，则将该片段一次延伸一个核苷酸直至所述结合自由能低于该阈值或该片段具有与所述探针相同的长度，生成延伸片段组。确定哪个延伸片段是针对任意探针的完全匹配物。装配与每个候选原型序列相对应的碱基响应序列。该碱基响应序列具有与相应原型序列的每个探针的核苷酸相对应的碱基响应，其中所述的探针是针对任何延伸片段的完全匹配物，但对于该碱基响应而言含有所述完全匹配探针的该探针组的其余成员不是针对任何延伸片段的完全匹配物；和在全部其它环境下的非碱基响应。

主权项

一种计算机执行的方法，其包括：提供与生物列表中一种或多种生物相关的靶序列列表；提供疑似与一个或多个所述靶序列杂交的候选原型序列列表；生成与每个候选原型序列相对应的探针集合，每个探针集合包含针对每个子序列的探针组，所述的子序列具有相应候选原型序列的预定、固定的子序列长度，所述探针组由相应子序列和通过变动相应子序列的中央核苷酸所形成的相应子序列的每一变异组成；生成与每个靶序列相对应的片段组，每一片段组包含具有相应靶序列的预定、固定片段长度的每个片段；计算每个片段与该片段的完全互补性序列的结合自由能，并且若任何结合自由能高于预定的固定阈值，则将该片段一次延伸一个核苷酸直至所述结合自由能低于该阈值或该片段与所述探针等长，生成延伸片段组；和确定哪个延伸片段是针对任意探针的完全匹配物；和装配与每个候选原型序列相对应的碱基响应序列，包含：与相应原型序列的每个探针的中央核苷酸相对应的碱基响应，其中所述的探针是针对任何延伸片段的完全匹配物，但对于该碱基响应而言，含有所述完全匹配探针的该探针组的其余成员不是针对任何延伸片段的完全匹配物；和在全部其它环境下的非碱基响应；针对每个候选原型序列生成含有该候选原型序列的匹配性生物列表，其中，与该候选原型序列相对应的碱基响应序列包含固定的最小碱基响应数；将与匹配性生物最长列表相对应的候选原型序列移至最终原型序列列表；从所述生物列表中消除与所移动原型序列相对应的匹配性生物；并且重复所述的移动及消除过程直至所述生物列表为空；制造含有与每个最终原型序列相对应的每个探针组的再测序微阵列。