一种分子标记在猪初生重性状关联分析中的应用

摘要

本发明属于猪的分子标记制备与应用技术领域，具体涉及一种与繁殖性状中特别是与猪初生重性状相关的分子标记的新用途。该分子标记是从HPSE基因中克隆得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的80bp处有一个A/G等位基因突变，导致Alu I-RFLP多态性。本发明公开了该分子标记的具体新用途的步骤。

主权项

一种分子标记Alu I‑RFLP在猪初生重性状关联分析中的应用，其特征在于下列步骤：1)用人HPSE基因cDNA为信息探针，作同源序列筛选，获得同源性80％以上的表达序列标签(EST)，然后对EST进行拼接；提取猪肺脏组织总RNA并做cDNA第一链反转录；设计引物对，该引物对的正向引物为5’‑AGCCAGGTGAGCCCGAGATG‑3’，反向引物为5’‑GCATCTGCTCGTGTTCCTAC‑3’，用RT‑PCR方法扩增猪HPSE基因的cDNA片段，PCR产物纯化克隆和测序，通过序列分析获得如SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列；2)根据SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列设计引物对，该引物对的核苷酸序列如下所示：正向引物：5′‑GGATGAAGGCTGGTATTT‑3′，反向引物：5′‑TGGGATAAGGCAATACAG‑3′，扩增猪基因组DNA，将PCR产物纯化克隆和测序，通过序列分析获得如下所述的核苷酸序列：GGATGAAGGCTGGTATTTACATTGATGGATTTCAGTTAGGAGAAGATTTTATTGACTTGCACAAACTTCTAAGAAAATCRGCTTTCAAAAATGCAAAACTCTATGGTCCTGATATTAGCCAGCCTCGACGAAAGAATGCTGAGATGCTGAAGAGGTAAGAGTGAGAGGAAGCAGAACCACTTTTCTTAAAAATAATATTTTCCTGTGGTGGAGACTCCTCAACAAACCACCTAATATTAAACGATTTGCTGCCTGACTTGAAGGTTTACCAAAAGAGGAAACAGTGATTGGCTCAGAAGACCAAAGATTTTGTGACAAATGGCACCATGATAAAATTTGTTTCAGAATTAGGAAGTCTGTATTGCCTTATCCCA上述序列中的R是A或G，导致Alu I‑RFLP多态性；3)检测目的基因HPSE mRNA在猪胎盘绒毛膜组织样中转录水平的表达，设计用于检测目的基因HPSE mRNA表达水平的引物对以及作为内参基因GAPDH的引物对，其核苷酸序列分别如下所示：目的基因HPSE的引物对：正向引物：5′GTTTGTCTCCCGCATACCTGA 3′，反向引物：5′CAAGTCCAGTCCTGAGCAAT 3′；内参基因GAPDH的引物对：正向引物：5′ATCCCGCCAACATCAAAT3′，反向引物：5′CACGCCCATCACAAACAT3′；4)定位目的基因HPSE基因的mRNA在猪胎盘组织的表达位置；5)应用PCR‑RFLP方法对序列表SEQ ID NO：1的第80位碱基进行检测，然后对基因型与猪初生重性状进行关联分析。