膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因的分析方法及应用

摘要

本发明涉及一种膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因的分析方法，其通过使用染色质免疫沉淀-高通量（ChIP-seq）测序来分析膜性肾病患者外周血单个核细胞（PBMCs）的组蛋白H3K9三甲基化状态的改变，得到膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因，深入研究这些差异表达基因将有助于进一步阐明膜性肾病的发病机理，为膜性肾病的诊断和治疗提供新途径。上述膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因的分析方法设计合理可行，能够有效地协助建立一种膜性肾病差异表达基因的图谱模型，获取作为中间结果的膜性肾病的相关信息。

主权项

一种膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：分别采集膜性肾病患者和健康对照组的外周血单个核细胞；室温下使用1%的甲醛溶液分别对所述外周血单个核细胞进行交联处理，然后用PBS溶液进行洗涤，再加入1M的甘氨酸溶液终止交联；分别收集交联后的外周血单个核细胞，用匀浆器进行处理裂解细胞核，收集裂解物后溶解悬浮于缓冲液中，使用H3K9三甲基化抗体沉淀所述缓冲液中的裂解物，得到的DNA与抗体的复合物用蛋白酶K于65℃处理后得到纯化的DNA片段；使用Illumina样品准备包对所述纯化的DNA片段进行末端修复、添加接头和片段大小选择处理，选择除去接头后大小为100bp的DNA片段进行测序，将测序得到的序列与bosTau数据库的参考基因组进行比对，允许两个碱基的错配，删除不能比对到参考基因组的序列，然后使用MACS法对比对后的序列进行分析确定转录因子的结合位点、ChIP‑seq数据集以及H3K9三甲基化对应的DNA富集区，使用MEME软件对MACS法的分析结果进行处理得到新的与H3K9三甲基化对应的DNA模体，并依据所述DNA模体找到与H3K9三甲基化相关的基因；以及对比膜性肾病患者和健康对照组的所述与H3K9三甲基化相关的基因得到所述膜性肾病三甲基化状态的差异表达基因。