一种ARMS2和HTRA1基因多态性检测特异性引物和液相芯片

摘要

本发明公开了一种ARMS2和HTRA1基因多态性检测液相芯片，主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物为：针对ARMS2基因G72T突变位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.11、针对HTRA1基因C95G/A突变位点的SEQ ID NO.12-14、针对HTRA1基因G60A突变位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16、和/或针对HTRA1基因I/D突变的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，能够避免交叉反应，实现多个多态性位点的并行检测。

主权项

一种ARMS2和HTRA1基因多态性检测液相芯片，其特征是，主要包括有：（A）. 针对每种突变分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变的特异性引物组成，所述特异性引物为：针对ARMS2 基因 G72T突变位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.11，以及选自针对HTRA1基因C95G/A突变位点的SEQ ID NO.12—14、针对HTRA1基因G60A 突变位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16、和针对HTRA1基因插入型/缺失型 突变的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO.1－9；（B）. 有anti‑tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti‑tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti‑tag序列选自SEQ ID NO.19～SEQ ID NO.27中的序列，且所述anti‑tag序列能相应地与（A）中所选的tag序列互补配对；（C）. 用于扩增出需要检测的、具有相应突变的目标序列的引物，所述扩增引物为：针对ARMS2 基因 G72T突变位点的SEQ ID NO.28及SEQ ID NO.29，以及选自针对HTRA1基因C95G/A突变位点的SEQ ID NO.30及SEQ ID NO.31、针对HTRA1基因G60A 突变位点的SEQ ID NO.32及SEQ ID NO.33、和针对HTRA1基因插入型/缺失型突变的SEQ ID NO.34及SEQ ID NO.35中的一对以上。2、.根据权利要求1所述的ARMS2和HTRA1基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE 引物为：由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.10组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.11组成的序列，以及选自由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.12组成的序列、由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.13组成的序列及由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.14组成的序列、由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.16组成的序列、和由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.17组成的序列及由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.18组成的序列中的一对以上。3、根据权利要求1所述的ARMS2和HTRA1基因多态性检测液相芯片，其特征是，（A）.  所述ASPE引物为：由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.10组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.11组成的序列、由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.12组成的序列、由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.13组成的序列及由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.14组成的序列、由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.16组成的序列、和由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.17组成的序列及由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.18组成的序列；（B）. 有anti‑tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti‑tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti‑tag序列选自SEQ ID NO.19～SEQ ID NO.27中的序列，且所述anti‑tag序列能相应地与（A）中所选的tag序列互补配对；（C）. 所述扩增引物为：针对ARMS2 基因 G72T突变位点的SEQ ID NO.28及SEQ ID NO.29、针对HTRA1基因C95G/A突变位点的SEQ ID NO.30及SEQ ID NO.31、针对HTRA1基因G60A 突变位点的SEQ ID NO.32及SEQ ID NO.33、和针对HTRA1基因插入型/缺失型突变的SEQ ID NO.34及SEQ ID NO.35。4、根据权利要求1－3任一项所述的ARMS2和HTRA1基因多态性检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5－10个T。5、一种用于ARMS2和HTRA1基因多态性检测的特异性引物，其特征在于，主要包括有：针对ARMS2 基因 G72T突变位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.11，以及选自针对HTRA1基因C95G/A突变位点的SEQ ID NO.12—14、针对HTRA1基因G60A 突变位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16、和针对HTRA1基因插入型/缺失型突变的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18中的一对以上。