确定动态聚合酶链反应扩增曲线中的周期阈值的方法和设备

摘要

通过利用可变聚类端点的聚类分析的CT确定用于确定动态PCR扩增曲线中的周期阈值(Ct)的系统和方法。可以在荧光强度(y轴)对周期数(x轴)的二维图中使PCR数据集可视化。对该数据集进行变换以产生具有包括在周期(n)时的荧光的一列和包括在周期(n+i)时的荧光的第二列的数据点分区表，其中i典型地为1或更大。利用所确定的聚类基于y(n+1)对n确定每一聚类的线性斜率，并针对每一聚类确定该聚类的斜率与邻近聚类的斜率的比率。然后比较比率。具有最大或最小比率的聚类的端点表示数据曲线中感兴趣的特定点。PCR曲线的表示肘值或Ct值的数据点被确定为所确定的聚类之一的端点，并且返回或显示对应于该数据点的周期数。

主权项

一种用于测量聚合酶链反应(PCR)扩增的效率的方法，所述方法包括下列步骤：‑测量表示扩增的多核苷酸的累积的荧光强度值、发光强度值、化学发光强度值、磷光强度值、电荷转移值、生物发光强度值或吸收率值；‑确定定义的信号阈值和达到该阈值所需的周期数，其中通过如下方式确定生长曲线的周期阈值(Ct)：‑接收表示数据曲线的数据集，所述数据集包括多个第一数据点，每一个第一数据点都具有一对坐标值(x，y)，其中如果在二维坐标系中观察，所述数据集具有感兴趣区域；‑通过利用分区函数以产生分区表，将变换应用于包括感兴趣区域的数据集的至少一部分，以产生变换后的数据集，其中该变换后的数据集包括多个第二数据点，每一个第二数据点都具有一对坐标值(y′，y*)，其中第二数据点的y′坐标值是相应的第一数据点的y坐标值，并且所述第二数据点的y*坐标值是随后的第一数据点的y坐标值；‑认定所述变换后的数据集中的第二数据点的多个聚类；‑确定所述聚类中的每一聚类的线性斜率；‑针对每一聚类确定该聚类的斜率与邻近聚类的斜率的比率；以及‑比较比率；其中具有最大或最小比率的聚类的端点表示所述数据曲线中感兴趣的特定点，所述数据曲线是动态聚合酶链反应(PCR)方法的曲线，并且其中所述感兴趣的特定点表示动态聚合酶链反应(PCR)曲线的肘值或周期阈值(Ct)，‑通过将扩增的多核苷酸的周期阈值(Ct)与参考核酸的周期阈值(Ct)进行比较来确定聚合酶链反应(PCR)扩增的效率。