一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法

摘要

本发明公开了一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法，该方法针对由于平常所用的TaqDNA聚合酶要进行正常扩增，其5′可以不需要与模板完全匹配，而其3′要求完全配对。针对这个特性，可以特异地将所发现的SNP位点设计在引物3′位置；针对突变型的基因设计的引物与野生型的基因会形成3′端错配，导致不能正常扩增；同样以野生基因设计的引物与突变型基因的3′端产生错配，也同样在突变型个体基因组中不能正常扩增。本发明通过两次PCR，再通过特定技术检测PCR结果，可以方便地确定该个体SNP位点的基因型。

主权项

一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法，其特征在于，该方法以已知功能基因SNP突变位点为参照，将此位点设计在特异引物的3′位置；通过分别设计Allele1和Allele2特异位点两对引物，通过两次PCR，再通过技术检测PCR结果，确定出个体SNP位点的基因型，通过标记功能验证及稳定性检测，将该分子标记用于辅助选择育种。