制备富集文库的方法

摘要

一种制备包含允许鉴定至少一种结合至少一种靶标的结合实体的特定核酸序列信息的富集文库的方法，其中所述特定结合实体已经存在于体外展示文库中。

主权项

一种制备富集文库的方法，所述富集文库包含允许鉴定至少一种结合实体的特定核酸序列信息，所述结合实体结合至少一种靶标，其中所述特定结合实体已存在于体外展示文库，并且其中所述方法包括下述步骤：（i）：制备至少100种不同结合实体（Bn（n=100或更多）的体外展示文库，其中每个结合实体附加到核酸分子，所述核酸分子包括允许鉴定结合实体的特定核酸序列信息——即人们一旦知晓所述核酸分子的所述特定核酸序列信息即可直接知晓附加到所述核酸分子的所述特定结合实体的结构——附加到所述核酸分子（基因型）的所述结合实体（即表型）的所述结构在本文中称为B‑结构。（ii）：制备具有附加到核酸分子的至少一种靶标Tn（n=1或更多）的核酸分子，所述核酸分子包括允许鉴定所述特定靶标的特定核酸序列信息，其中所述靶标能够结合存在于步骤（i）的文库的至少一种结合实体——附加到所述核酸分子（基因型）的靶标（即表型）的结构在本文中称为T‑结构；并且其中所述方法特征在于：（iii）：在结合条件下，将包括X（X是大于104的数）个步骤（i）的文库的B‑结构的溶液与包括Y（Y是大于102的数）个步骤（ii）的T‑结构的溶液混合，所述条件是含有能够结合靶标分子的结合实体的B‑结构与含有不能够结合相同靶标分子的结合实体的B‑结构相比更有效地结合相应的T‑结构，并且其中人们得到至少一种结合实体与至少一种靶标的结合，从而生成包含B‑结构结合到T‑结构的复合物（本文中称为B结合至T‑结构）；（iv）：应用体外区室化系统——在结合条件下，所述条件是含有能够结合靶标分子的结合实体的B‑结构与包括不能够结合相同靶标分子的结合实体的B‑结构相比更有效地结合相应的T‑结构——其中，在B‑结构、T‑结构和B结合至T‑结构随机进入单独的区室的条件下， 所述区室化系统包括的单独的区室为步骤（iii）存在的Y个T‑结构的至少2倍；和（v）：融合同时存在于相同单独的区室里的B‑结构和T‑结构的核酸分子——即融合所述B‑结构的核酸分子至所述T‑结构的核酸分子——这个结构本文中称为BT融合‑结构，所述BT融合‑结构包括允许鉴定步骤（i）所述结合实体的特定核酸序列信息和允许鉴定步骤（ii）所述特定靶标的特定核酸序列信息；和（vi）：组合步骤（v）的所述单独的区室的内容物，以得到BT融合‑结构文库，该步骤在以下条件下进行：其中没有B‑结构和T‑结构的核酸分子的融合——即在步骤（v）中没有生成任何新的BT融合‑结构，其中所述文库是与源自靶标与结合实体的未结合对的BT融合‑结构相比，为源自靶标与结合实体的结合对的BT融合‑结构种类的富集文库。