高通量检测脊椎动物病原体基因芯片的探针设计方法

摘要

本发明涉及一种生物芯片的探针设计方法，尤其是设计出用于对以脊椎动物为宿主的病毒、细菌、真菌等病原体进行高通量检测的探针。本发明提供的方法，包括：1)针对检测对象为细菌、真菌以及原生动物三类病原体的，以rRNA为模板的探针设计方法；2)针对检测对象为病毒，以结构蛋白编码序列为模板的探针设计方法。

主权项

一种针对细菌、真菌以及原生动物三类病原体的探针，其特征是一种基于16S rRNA或18S rRNA序列模板的设计方法为基础的探针，包括：从RibosomalDatabase Project(RDP)数据库里得到目标物种的rRNA序列，抽提出物种内部的保守的序列区域；(1)通过系统发生分析，对多个物种的代表性序列构建进化树，从进化树的分支中找到目标物种的最近邻物种；(2)将两个物种进行序列比对得到种间的保守区；(3)从目标物种的种内保守区域中去除这部分种间保守区，得到目标物种的特异性区域，作为备选序列；(4)针对该备选序列进行探针设计，对得到的备选探针进行特异性评估，去除那些可能产生交叉杂交的低质量探针。