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Ein Verfahren zur Mikroskopie von mehreren Proben mit optischer Mikroskopie und Teilchenstrahlmikroskopie, sieht vor, daß a) die Proben in eine Teilmenge und eine Restmenge aufgeteilt werden, b) die Proben der Teilmenge so präpariert werden, daß sie Registriermarker enthalten, die sowohl in der optischen Mikroskopie als auch in der Teilchenstrahlmikroskopie sichtbar sind, c) die Proben der Teilmenge mit der optischen Mikroskopie und mit der Teilchenstrahlmikroskopie abgebildet werden, so daß für jede Probe der Teilmenge ein Paar aus optischem Mikroskopiebild und Teilchenstrahlmikroskopiebild gewonnen wird, d) die Paare aus optischem Mikroskopiebild und Teilchenstrahlmikroskopiebild unter Rückgriff auf die Registriermarker zueinander lageregistriert werden, e) die optischen Mikroskopiebilder und die Teilchenstrahlmikroskopiebilder der lageregistrierten Paare modifiziert werden, indem die Registriermarker aus den Bildern entfernt werden, f) anhand der modifizerten optischen Mikroskopiebilder und Teilchenstrahlmikroskopiebilder der lageregistrierten Paare ein Registerungsalgorithmus angelernt wird, der Bildinhalte auswertet und ein Qualitätsmaß für eine Lageregistrierung jedes der Paare ausgibt, und g) die Objekte der Restmenge ohne Registriermarker mit der optischen Mikroskopie und mit der Teilchenstrahlmikroskopie abgebildet werden, so daß auch für jede Probe der Restmenge ein Paar aus optischem Mikroskopiebild und Teilchenstrahlmikroskopiebild gewonnen wird, und diese Paare mithilfe des angelernten Registerungsalgorithmus zueinander lageregistriert werden, indem die Bilder jedes Paars gegeneinander verschoben werden, um das vom angelernten Registerungsalgorithmus fü das jeweilige Paar ausgegebene Qualitätsmaß zu maximieren.
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