用ultra-deep测序法测定序列变体的方法

摘要

要求保护的发明提供了新的样品制备方法，使得可以用焦磷酸测序技术直接对PCR产物进行测序。所述PCR产物可以是基因组的特定区域。本发明的公开内容中提供的技术可以用于在一个个体或个体的群体中对个体等位基因多态性进行SNP(单核苷酸多态性)检测、分类和评价。结果可以用于患者的诊断和治疗，以及病毒和细菌群体鉴别的评价。

主权项

一种检测异质核酸群体中的以低频率存在的序列变体的方法，包括下列步骤：(a)用确定基因座的一对核酸引物扩增所述异质核酸群体共有的DNA区段，其中所述DNA区段的核酸序列组成不是预先知道的，以产生其中每个都包含所述DNA区段的、在200bp至1kb之间的第一扩增子群体；(b)第一扩增子群体被递送到油包水乳液中的含水微反应器中，使得多个含水微反应器含有(1)足够的DNA以启动受单个模板或扩增子支配的扩增反应，(2)单个珠子，和(3)含有实施核酸扩增所必需的试剂的扩增反应溶液；(c)克隆扩增在所述反应器子集中的扩增子，以产生第二扩增子的多个群体，其中第二扩增子的每个群体被分隔包含在所述子集的一个反应器中，并被反应器中的所述单一扩增子扩增；(d)将所述被分隔的第二扩增子群体固定到所述子集的反应器中的可移动的固相支持物上，以使所述可移动的固相支持物含有所述第二扩增子的一个群体；(e)从所述反应器中释出所述可移动的固相支持物；(f)对固定在所述可移动的固相支持物上的所述第二扩增子平行测序，以产生核酸序列群体；和(g)检测所述异质核酸群体中来自以5％或更低频率存在的核酸序列群体的DNA区段的序列变体。