一种利用特定rDNA长片段解析真菌菌群结构的方法

摘要

DGGE和TGGE这两项技术在微生物菌群结构研究中存在的主要不足是，无法通过用于电泳分离的DNA片段上携带的有限序列信息对其真正代表的微生物进行精准的分子鉴定。针对这一点，本发明提供了一种基于特定rDNA长片段的真菌菌群结构分析方法，所述特定rDNA长片段是指一段包含18SrDNA近全长序列和ITS序列的片段，它是由靶向18SrDNA序列的上游引物NS1和靶向ITS序列的下游引物扩增得到的，扩增产物长度大于2000bp。利用特定rDNA长片段的DGGE或TGGE分析方法，可以在保证电泳分离效果的情况下同时获得18SrDNA近全长序列和ITS序列，这样就可以在保证真菌菌群多样性得到良好解析的同时获取十分精准的菌群结构信息，因此本发明可以使DGGE和TGGE技术更加有效地用于真菌菌群结构的解析。

主权项

一种利用特定rDNA长片段解析真菌菌群结构的方法，其特征在于：所述特定rDNA长片段是指一段包含18S rDNA近全长序列和ITS序列的片段，它是由靶向18S rDNA序列的上游引物NS1和靶向ITS序列的下游引物扩增得到的；所述18S rDNA近全长序列是指一端起始于引物NS1对应区域直至另外一端的序列，长约1780bp，相当于Saccharomyces cerevisiae标准菌株NCYC 505的18S rDNA序列的20‑1800位点；所述靶向ITS序列的下游引物必须与NS1构成引物对特异性地扩增两者结合位点之间的片段，并且扩增片段长度大于2000bp。