一种高杂合二倍体基因组支架序列组装策略

摘要

本发明适用于生物信息领域，提供了一种高杂合二倍体基因组支架序列组装策略。具体包括：将Reads比对到Contig上得到所需要映射信息Arc和Link；根据Contig的长度和覆盖深度（CoverageDepth）设定阈值，将短的和高覆盖深度的Contig过滤；先由Contig两两间的Arc关系，构建Contig之间的有向连接图，使用寻找泡状结构过滤单路径算法单元对图进行处理；使用Contig之间的Link关系，构建Contig和TempScaffold之间的有向连接图，对图进行线性化处理；在所有插入片段库都被遍历使用后，得到最终的TempScaffold即为最终的Scaffold；根据保存的信息将之前使用Arc信息过滤掉的杂合单路径对应补回，并最终展示在结果中。通过本发明，能够在高杂合二倍体基因组的Scaffold组装中起到至关重要的作用，最终得到符合后续分析要求的结果。

主权项

一种高杂合二倍体支架序列组装策略，其特征在于，包括如下步骤：将Reads比对到Contig上得到所需要映射信息Arc和Link；根据Contig的长度和覆盖深度（Coverage Depth）设定阈值，将短的和过高覆盖深度的Contig过滤；先由Contig之间的Arc关系，构建Contig之间的有向连接图，使用寻找泡状结构过滤单路径算法单元对图进行处理；使用Contig之间的Link关系，构建Contig和Temp Scaffold之间的有向连接图，对图进行线性化处理；    在所有插入片段库都被遍历使用后，得到最终的Temp Scaffold即为最终的Scaffold；根据在寻找泡状结构过滤单路径算法单元的过程中储存的信息，对应最终Scaffold中Contig路径补回被过滤的杂合单路径，并将其输出在结果序列中。