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Un método de seguimiento de la amplificación de ácidos nucleicos que comprende lo siguiente: llevar a cabo la amplificación de ácidos nucleicos sobre un polinucleótido diana utilizando cualquier método, dondedicha amplificación se lleva utilizando una primera sonda oligonucleotídica, y una segunda sonda oligonucleotídica con una molécula desactivadora capaz de desactivar la fluorescencia del fluoróforo mencionado, en el que el fluoróforo y el desactivador están unidos a sus sondas respectivas en unas posiciones que resultan en ladesactivación de la fluorescencia del fluoróforo mediante la molécula desactivadora cuando las dos sondas estánhibridadas entre sí, en el que la segunda sonda de oligonucleótido que es complementaria a la primera sonda de oligonucleótido, es almenos dos pares de bases más corta que la primera sonda de oligonucleótido, y en el que las sondas se seleccionande forma que la Tm del complejo de la sonda de oligonucleótido es entre 5 y 10ºC superior a la temperatura de hibridación de la reacción de amplificación monitorizada, y en el que la primera sonda de oligonucleótido se une preferentemente al ácido nucleico diana sobre la segunda sondade oligonucleótido con el efecto que la fluorescencia del fluoróforo es superior cuando la primera sonda de oligonucleótidohibrida con el ácido nucleico diana que cuando hibrida con la segunda sonda de oligonucleótido, y monitorizar la fluorescencia del fluoróforo, la generación de fluorescencia que corresponde a la presencia de ácidosnucleicos diana; en el que el método de amplificación es la PCR.
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