针对开发癌症、自身免疫性疾病和传染性疾病免疫治疗的天然HLA限制肽的差异化量化方法

摘要

本发明涉及从大规模原发组织标本中定量识别相关HLA-结合肽抗原而无需标记的一种方法。该方法不仅可用于开发肽疫苗，而且对分子免疫监测和识别任何免疫治疗策略中的新抗原也有非常高的价值，其中，HLA限制抗原决定簇作为靶标，如：癌症或传染病和自身免疫性疾病中各种亚基疫苗或T-细胞过继转移方法。

主权项

原发组织样本MHC配体肽的识别和无标记量化方法，包括以下步骤：a)提供至少有一份病变原发组织样本以及与该病变组织最好相应的至少一份原发健康组织样本，b)从所述样本中分离MHC配体肽，c)用所述MHC配体肽进行HPLC‑MS分析，d)为每个从步骤c)中获得的信号提取母离子信号强度(区)，e)通过片段谱聚类和数据库检索识别所述MHC配体肽的序列以对不同操作和样本之间的区域进行分组；正态化重复操作之间的区域以弥补重复操作之间的技术性能／灵敏度差异，重复操作会得出每份样本每个肽的平均数量，包括误差估计，f)将所述序列分配到MHC等位基因，以生成等位基因特异性序列亚组从而对不同样本进行比较；使用等位基因特异性亚组正态化不同的样本以说明不同的样本量或MHC表达水平：结果是样本之间的相对数量可进行比较，g)基于每个样本的肽重复性进行数据质量控制，确认识别序列总数以及各个区有小变化的序列数量尽可能的高，h)计算提呈谱和得分，以确定MHC配体肽的潜在过量提呈，i)控制识别和面积估计的质量，例如：通过肽识别结果和区域重复性的目视检查或通过统计分析进行质量控制，j)将所述至少一份病变原发组织样本的检测值与获自所述至少一种原发健康组织的数值进行比较，且k)量化所述MHC配体肽。