44个SNP位点多色荧光复合检测的方法及试剂盒

摘要

本发明公开了一种用于个体识别的44个SNPs位点多色荧光复合检测试剂盒和检测方法，所述试剂盒包括PCR引物，DNA聚合酶，PCR缓冲液，核酸外切酶Ⅰ，虾碱性磷酸酶，延伸引物和SNaPshot反应混合液；PCR引物和延伸引物由44个SNP基因位点的引物，分别针对包含44个SNP位点的DNA片段。采用本发明可以快速、准确地获得44个SNP位点的基因分型，并通过荧光自动分型设备检测分析，对人类生物检材进行个体识别。

主权项

44个SNP位点多色荧光复合检测的试剂盒，其包括a）扩增体系：PCR缓冲溶液、MgCl2、dNTPs、PCR引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA，b）扩增产物纯化试剂：核酸外切酶Ⅰ及其缓冲溶液、虾碱性磷酸酶及其缓冲溶液，c）延伸反应试剂：延伸引物和SNaPshot反应混合液，d）测试试剂：Hi‑Di甲酰胺和GeneScanTM Size Standards‑120 LIZ，其特征在于，所述PCR引物和延伸引物由44个SNP基因位点的引物组成，所述44个SNP基因位点在NCBI中SNP数据库的rs号分别为rs1109037，rs3780962，rs987640，rs9951171，rs430046，rs338882，rs2342747，rs10092491，rs1821380，rs321198，rs7041158，rs13218440，rs560681，rs445251，rs8078417，rs10488710，rs7520386，rs214955，rs4530059，rs13182883，rs722290，rs6811238，rs279844，rs9905977，rs6955448，rs4288409，rs315791，rs740598，rs2272998，rs7205345，rs10773760，rs221956，rs576261，rs1498553，rs2399332，rs1058083，rs993934，rs1336071，rs1294331，rs1523537，rs2269355，rs12997453，rs1736442和rs10776839；所述44个SNP基因位点的PCR引物和延伸引物的序列为：rs1109037  PCR引物:上游5’‑ctggtggtgagggtggagatt‑3’，下游5’‑gtgccagtgcgagatgaaagt‑3’延伸引物: 5’‑cctcccacaccagtttctcc‑3’rs3780962  PCR引物: 上游5’‑ctggtggtgtgtattctgcggta‑3’，下游5’‑aacatgggatgaacaaggtcaag‑3’延伸引物：5’‑cctcccacaccagtttctcc‑3’rs987640  PCR引物: 上游5’‑acaggtacattcacttaacaggctc‑3’，下游5’‑gttactaagcccatgccatcg‑3’延伸引物: 5’‑32t‑aacaggctctctttccaccc‑3’rs9951171  PCR引物: 上游5’‑agtcctcgttgttcctctggg‑3’，下游5’‑ctgctttcatgctgggacctg‑3’ 延伸引物: 5’‑gagagcagcacactgaggctttatgg‑3’rs430046  PCR引物: 上游5’‑gaacaaggtcatacaatgaatggtg‑3’，下游5’‑cacctatgggctcttcttatttctc‑3’延伸引物: 5’‑17t‑taaacccagcacctaccctca‑3’rs338882  PCR引物: 上游5’‑ccttctgtctcaccttctttcg‑3’，下游5’‑caaagggaccaagtcaagagc‑3’ 延伸引物: 5’‑ctcaccttctttcgtgtgcctgtgca‑3’rs2342747  PCR引物: 上游5’‑gtcagcatgggaggaagaaaa‑3’，下游5’‑ggcagcagtaaccagcaacac‑3’ 延伸引物: 5’‑42t‑gctcattctttgttgtcccctc‑3’rs10092491PCR引物: 上游5’‑agtggcattagaaattccagatag‑3’，下游5’‑ccccgcaaactaactaggataa‑3’延伸引物: 5’‑10t‑ccagatagagctaaaactgaag‑3’rs1821380  PCR引物: 上游5’‑cacaatggagccactgaactgc‑3’，下游5’‑ttccttgtcccttctgacctta‑3’ 延伸引物: 5’‑29t‑cattctccttcttctatctgtat‑3’rs321198  PCR引物: 上游5’‑cctacacacaggcttcaggttac‑3’，下游5’‑atgtgcgtttctccacactttatac‑3’ 延伸引物: 5’‑18t‑tccttttgtgattccacttc‑3’rs7041158  PCR引物: 上游5’‑aatggtgagaggttgatggtaaaat‑3’，下游5’‑agtgagaagtgtcttgggttgga‑3’延伸引物: 5’‑19t‑agtgagaagtgtcttgggttgga‑3’rs13218440 PCR引物: 上游5’‑ttctaaccatcatgcttttccct‑3’，下游5’‑aacccatcccagctgagtattcc‑3’延伸引物: 5’‑28t‑attcacctctagtccctctg‑3’rs560681  PCR引物: 上游5’‑catctgttcaggtttctctccatc‑3’，下游5’‑cacagcctcttactgcacttcata‑3’延伸引物: 5’‑17t‑cccaaggtcctgtgacctgagtaaa‑3’rs445251  PCR引物:上游5’‑catcacactatcctgacatgaacaa‑3’，下游5’‑agaattaaatgaaccactgcacctg‑3’延伸引物: 5’‑36t‑ttaatgtaaaaactgcaagtggtt‑3’rs8078417  PCR引物: 上游5’‑gctagagaactctgtacgtggtcac‑3’，下游5’‑agaagagcctcaaggacagcc‑3’延伸引物: 5’‑35t‑agaagagcctcaaggacagcc‑3’rs10488710  PCR引物: 上游5’‑gttcccacttgttctttttctgc‑3’，下游5’‑gactgcactttgcgaaacatg‑3’ 延伸引物: 5’‑46t‑cagcatttaaaaataaaaccga‑3’rs7520386  PCR引物: 上游5’‑gctgagtgaccaggactgtacgt‑3’，下游5’‑cctgcggtacccaagaagactc‑3’延伸引物: 5’‑53t‑aagggaacgtgaggaggccacac‑3’rs214955  PCR引物: 上游5’‑tcatcaactttatcgctttttcctg‑3’，下游5’‑ctttattctggcagcccttgg‑3’延伸引物: 5’‑23t‑gcaaacaaagactgaaaaggtga‑3’rs4530059  PCR引物: 上游5’‑gatgacttcccagagctccaga‑3’，下游5’‑gatacaagagcttccggagacc‑3’延伸引物: 5’‑43t‑ccagaagcaactccagcacac‑3’rs13182883  PCR引物: 上游5’‑ggggtcccttctggcctagta‑3’，下游5’‑cgttactttcttcctgcctttgt‑3’ 延伸引物: 5’‑51t‑tgtcccacctccccaccctgttcct‑3’rs722290  PCR引物: 上游5’‑cccaaggtaggaccagaagtgtt‑3’，下游5’‑ttggataccatccccaagacat‑3’ 延伸引物: 5’‑50t‑ggataccatccccaagacatct‑3’rs6811238  PCR引物: 上游5’‑tgagaggagaagactgtgtgtttta‑3’，下游5’‑accaggcatttgaccttctagc‑3’延伸引物: 5’‑53t‑gaaagaacatcttaatactatcataac‑3’rs279844  PCR引物: 上游5’‑aatggcaacttctgataaaggataa‑3’下游5’‑aatatcaaggaagtttagagagttgtgag‑3’延伸引物: 5’‑46t‑caaggaagtttagagagttgtgag‑3’rs9905977  PCR引物: 上游5’‑aggaaaattcatgagctggtgtc‑3’，下游5’‑ccaagcctgagggacaaagc‑3’延伸引物: 5’‑34t‑ggaaagacgaaaggaatcttga‑3’rs6955448  PCR引物: 上游5’‑cctgccgttactactattgttgaaa‑3’，下游5’‑cttgtggagttattcttatgtaatcgtc‑3’ 延伸引物: 5’‑9t‑agttgcgtttacaactttctccc‑3’rs4288409  PCR引物: 上游5’‑atgggtgtgtgagctgtggc‑3’，下游5’‑cctgaggcacactcagatgcac‑3’ 延伸引物: 5’‑61t‑ttggcaacggccctgcaag‑3’rs315791PCR引物: 上游5’‑tttactttgtaccaggggtgtttc‑3’，下游5’‑ctcctttgttaatttctgtctgcc‑3’延伸引物: 5’‑34t‑tctgccacataaggatgaaact‑3’rs740598 PCR引物: 上游5’‑tttcaaatagcaatggctcgtc‑3’，下游5’‑gggatgtcccgtcttattaatgaac‑3’延伸引物: 5’‑18t‑tggctcgtctatggttagtctc‑3’rs2272998  PCR引物: 上游5’‑cactctgtacaaatcagatgaagcct‑3’，下游5’‑gaagccaagcgactcctacg‑3’ 延伸引物: 5’‑39t‑attcgtatagtcagtgtggtcagag‑3’rs7205345  PCR引物: 上游5’‑cttgggtcatctctatcatagaacttatc‑3’，下游5’‑gaacaacttactggcagggcac‑3’ 延伸引物: 5’‑49t‑aaggatgtggaagtctagtgtga‑3’rs10773760  PCR引物: 上游5’‑gtctggaagttcgtcaaattgc‑3’，下游5’‑cgtacgacatcatcacagcca‑3’ 延伸引物: 5’‑gctatgtggcatacttggac‑3’rs221956  PCR引物: 上游5’‑tgtcctctgagatgatgaatgctt‑3’，下游5’‑gagtttgggggtccatgctag‑3’ 延伸引物: 5’‑ggaaggaagcactaaagtca‑3’rs576261  PCR引物: 上游5’‑aacctcttttgtgcctcccc‑3’，下游5’‑ttgttgatgatagtggcaaaggag‑3 延伸引物: 5’‑tT+14ct‑gtgtaccaccttctctgtcacca‑3’rs1498553  PCR引物: 上游5’‑ccaggatgaaagttcacttcagatg‑3’ ，下游5’‑ccatagatctcatagccatcctttta‑3’延伸引物: 5’‑gttcacttcagatgttcaaagccaga‑3’rs2399332  PCR引物: 上游5’‑ctggacaccagaccaaaaacaa‑3’，下游5’‑caagtttgttggcttcttttgag‑3’ 延伸引物: 5’‑T+13ct‑gtatctgttcatgtattttgctgat‑3’rs1058083  PCR引物: 上游5’‑ttgggttaattttgctcagagtatc‑3’，下游5’‑agccacagagtgccctagtcag‑3’ 延伸引物: 5’‑gtgggttaattttgctcagagtatcc‑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