一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法

摘要

本发明涉及药物分子的设计和筛选，特别是一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法。所述方法包括：读入第一分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第一分子中每个原子的类型及其坐标数值；根据第一分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第一分子中各原子的高斯球；计算每对高斯球组的叠合体积；计算每个高斯球的权重；计算第一分子的自身叠合体积,以第一分子的自身叠合体积作为第一分子的体积。本发明可应用于分子形状的数学表达、药物分子间形状比较、药物分子药效团比较，这些比较方法用于药物分子的虚拟筛选。

主权项

1. 一种分子体积计算方法，其特征在于，所述方法包括：步骤（11），读入第一分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第一分子中每个原子的类型及其坐标数值；步骤（12），根据第一分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第一分子中各原子的高斯球，每个高斯球的半径与相应原子的范德华半径相同，且每个高斯球的位置与相应原子的坐标相同；步骤（13），计算每对高斯球组的叠合体积，其中第ij组高斯球组包括第i个高斯球和第j个高斯球，第ij组高斯球组的叠合体积为；步骤（14），计算每个高斯球的权重，第i个高斯球的权重，为第i个高斯球的体积，k为一个常数；步骤（15），计算第一分子的自身叠合体积为,以第一分子的自身叠合体积作为第一分子的体积，其中为第i个高斯球的权重，为第j个高斯球的权重，为第i个高斯球与第j个高斯球的叠合体积，A为第一分子所有高斯球的集合。