结核分枝杆菌rpoB基因的核酸指纹特征图谱库及其用途

摘要

本发明公开了一种检测结核分枝杆菌rpoB基因利福平耐药决定区（RRDR）突变型方法，包括PCR扩增、SAP酶消化、转录、限制性内切酶酶切、纯化、质谱仪检测等步骤。基于该方法，可建立结核分枝杆菌野生型及突变型RRDR的特征酶切质谱峰图数据库。根据实验产生的质谱峰图，与数据库进行比对，以检测结核分枝杆菌rpoB基因RRDR是否突变及突变型，从而判断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。检测结果可广泛运用于临床检验、疾病预防、流行病调查、进出口检验等领域。

主权项

一种基于酶切技术和质谱技术对结核分枝杆菌rpoB基因RRDR的突变型进行检测的方法，其特征在于，它至少包括如下步骤：（1）PCR反应：使用特定的耐药决定区域的PCR引物，扩增结核分枝杆菌核酸模板，得到含利福平耐药决定区的PCR产物；（2）SAP酶消化：用碱性磷酸酶（SAP酶）处理步骤（1）得到的PCR产物；（3）转录和核酸酶切反应：使用特定的转录和内切酶，在一个反应体系中，对步骤（2）得到的扩增产物进行酶切反应，获得一系列长度不一、丰度不一的核酸片段；（4）纯化：使用树脂处理步骤（3）得到的酶切产物，以避免盐离子对后续检测的影响；（5）质谱仪检测：将步骤（4）得到的纯化产物上点在含有基质的靶片上，上质谱仪进行检测，得到结核分枝杆菌耐药决定区的特征核酸指纹谱图。