一种水稻全基因组SNP芯片及其应用

摘要

本发明公开了一种水稻全基因组SNP芯片及其应用，步骤：（1）芯片上第一类探针的获得：通过测序获得亲本的基因组序列，结合公共数据库中的其他水稻品种重测序数据，以日本晴基因组为参考序列，使用MAQ软件将所有测序数据进行匹配、分析，最后从中筛选出SNP标记；（2）芯片上第二类探针的获得：从公共数据库获得水稻功能基因，寻找反映基因功能的序列差异，据此设计出SNP/INDEL探针；(3)利用Infinium芯片制造技术制作SNP芯片。(4)测试芯片的准确性和应用效率。本芯片可应用于水稻种质资源分子标记指纹分析、种子真实性检测、杂交后代基因分型，以及其他相关研究中。

主权项

一种水稻全基因组SNP芯片，其特征在于：所说的SNP芯片是指根据SEQ No.001~SEQ ID No.5636所示序列利用Infinium专利设计制造技术制作的芯片。