一种高通量棉花品种DNA指纹库构建方法

摘要

本发明提供了一种高通量棉花品种DNA指纹库构建方法，该方法包括提取棉花品种DNA，使用40对引物(核苷酸序列如SEQ ID No.1-80所示)进行SSR-PCR扩增，将扩增产物进行荧光多重PCR组合，于DNA分析仪上进行毛细管五色荧光电泳检测，根据荧光图谱进行棉花品种DNA指纹库构建。本发明方法相比常规的聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测效率提高了10倍以上，且通过分子量内标的自动比对获得扩增产物片段大小，减少人为读板误差的同时，最大程度地保证了数据结果的准确性与可靠性。

主权项

一种高通量棉花品种DNA指纹库构建方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取棉花DNA；2)使用分布于棉花全基因组26条染色体上的一套40对核心引物分别对待测品种进行SSR‑PCR检测，每对引物标记有荧光染料，所述核心引物的核苷酸序列如下所示：  引物名称  上游序列5′‑3′  下游序列5′‑3′  NAU3254  GCTTTGCTTTGGAATGAGAT  TTGGTGCAGATAGCAAGAAA  NAU2277  GAACTAGCCACATGATGCAC  TTGTTGAGGCATTAGTTTGC  NAU1190  CCATGTCCGTATCCATGTTA  TAAGGCAAGATAGGGTCAGG  NAU1071  ACCAACAATGGTGACCTCTT  CCCTCCATAACCAAAAGTTG  MUCS101  AGCCTCTCTCTCCTTCAGGC  GAGTCATATCGCTTGGGAGC  NAU934  TGCTTTCGTATCCTTTTTCC  ATTAGAGAAGCCAGGGAGGT  NAU1200  CAACAGCAACAACCACAA  CTGCCTCGAGGACAAATAGT  NAU874  AAATGGCGTGCTTGAAATAC  TGTGATGAAGAACCCTCTCA  NAU905  TGGCTGAACTTTGCAATTTA  AAGCAAGGGAGGTAATCCTT  NAU1362  TCTGATTTGCTGATTGGAAA  CTTATTCGGACTTGGTTGCT  BNL1317  AAAAATCAGCCAAATTGGGA  CGTCAACAATTGTCCCAAGA  BNL2960  TAAGCTCTGGAGGCCAAAAA  CCATTTCAATTTCAAGCATACG  BNL1231  TAATAAAAGGGAAAGGAAAGAGTT  TATGGCTCTAGAATATTCCCTCG  BNL3442  CATTAGCGGATTTGTCGTGA  AACGAACAAAGCAAAGCGAT  BNL3261  AAACGGAAACGAAGAAGGGT  CCCAAACCTGTCTCACCAAC  BNL1421  TGAAGATTTGGAGGCAATTG  GAAATCAAGCCTCAATTCGG  BNL2449  ATCTTTCAAACAACGGCAGC  CGATTCCGGACTCTTGATGT  CIR246  TTAGGGTTTAGTTGAATGG  ATGAACACACGCACG  NAU2437  CTTGGAAAAAGGAAGAGCAG  TTAAAAGACCAAAGGCAAGG  BNL830  TTCCGGGTTTTCAATAAACG  GTTAATACTTTTTTTCTTTTGTGTGTG  JESPR292  GCTTGCAATCTCCTACACC  GAATATGTTTCATAGAATGGC  NAU1167  CTGACTTGGACCGAGAACTT  AAGAGCCCTGGACAATGATA  NAU1028  CCGCCTAAGACTAATTGGAA  CAAATTGTAAGTGGCTGAGA  CIR216  ATCTGAACCATCATCCTC  TTCTGATTGGCACTTTC  NAU3110  CCAAGGATATGAACCAAAGG  CGTGAACACCATGTCAGTCT  BNL3646  CCCAATACGAGGAGAGCACA  TCGAAAATGGGGGAGAGAG  BNL3171  GAAAAATTGAGGAAGGACATACG  GGCCACAACCGAATTTACTG  NAU1103  GGAGCCAGAAGTTGAGAAAA  TTCGGCTTCTGCTTTTACTT  BNL4030  CCTCCCTCACTTAAGGTGCA  ATGTTGTAAGGGTGCAAGGC  BNL3140  CACCATTGTGGCAACTGAGT  GGAAAAGGGAAAGCCATTGT  JESPR110  GGCGAAGAGCTACCTGTGAATGGC  CCAATGGGGACTCTACATGTGGC  NAU1125  AAGAAGCCACTGAAGCAGAG  GTAGAACAGCTCCATTGCTG  BNL827  AAGCTCCACGTGCTCAAGTT  CTCATGTTGTCGGTGGTGTT  NAU3588  CCCCATAGGGCATACTTCTA  GCCAACAAGAACAACAACAC  CIR170  TCGGTAAAGATGGGTG  ATTGGTGCTGGTTGAG  NAU1369  TGGCAGAGATGAATGTAAGC  GGTAACGGATGGAAAATCAC  NAU859  CAGGCTTCATCTTTTTGGAC  CATTGGATCCTAGTGGGAAG  NAU3778  GAGAAGCAGCCACTCATGTA  CCCCACCCTATGATGAATAA  DPL0442  TTACGGTGGCTAATGTAATATCCC  ATTCTTGAGAGTTCACCAGGAAAG  NAU5099  GCTGTGAGTTTGTGCTTTCC  GACAGAACTCTGGAGCGAAT    ；3)将步骤2)每对引物的扩增产物进行荧光多重PCR组合，然后进行毛细管电泳检测与数据分析。