一种抗菌蛋白质或多肽活性关系表征的方法

摘要

本发明公开了一种抗菌蛋白质或多肽活性关系表征的方法，从表征分子的85个结构参量和拓扑指数出发,经主成分分析(PCA)得到一种包含166个氨基酸体系的特征描述子:氨基酸拓扑结构信息矢量(VSTPV).将其应用于101个阳离子抗菌肽和28个牛乳铁蛋白水解肽(BPPs))的定量构效关系(QSAR)研究,均有较好的拟合和预测能力,交叉验证相关系数和相关系数都在0.70以上。研究表明氨基酸残基拓扑结构信息矢量VSTPV能很好的表征编码与非编码氨基酸并能建立预测能力较强的多肽及其衍生物QSAR模型。

主权项

一种抗菌蛋白质或多肽的活性关系表征方法，包括如下步骤：1）选取氨基酸，使用描述子计算软件对每个氨基酸生成拓扑描述子参数；2）采用主成分分析（PCA）进行变量位数压缩提取，得到各种氨基酸的拓扑描述子矢量；3）对待表征活性关系的蛋白质或多肽用拓扑描述子矢量描述子进行结构表征；4）将步骤3得到的描述子变量用于GA‑PLS或SMR‑MLR建模分析。