用于核酸特异性分析的探针

摘要

本发明提供了用于检测或富集核酸样品中存在的靶标脱氧核糖核酸(DNA)的方法，所述方法包括：(a)使核酸样品片段化，产生包括靶标片段在内的核酸片段，所述靶标片段含有所述靶标DNA；(b)使得包括所述靶标片段在内的所述片段至少部分被单链化，其中单链化的部分包括末端部分，并且其中所述单链化部分的长度足以允许所述靶标片段单链化部分的至少一部分与步骤(c)的探针杂交；(c)将步骤(b)的至少部分单链化的片段与单个靶标特异性核酸探针的寡核苷酸A和B接触，其中(i)寡核苷酸A是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸在一端包含含有与所述靶标片段的所述单链化部分的至少一部分在序列上互补的至少10个核苷酸的第一靶标特异性部分，并且在另一端包含含有与探针的寡核苷酸B的至少一部分(包括一端)互补的核苷酸序列的第二非靶标特异性部分，和(ii)寡核苷酸B是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸可含有或带有用于检测和/或富集所述靶标片段的至少一种元件，并且其至少一部分(包括一端)与寡核苷酸A的第二非靶标特异性部分在序列上互补，使得所述靶标片段通过与寡核苷酸A的第一靶标特异性部分杂交而变得与所述探针退火，导致每个靶标片段仅发生一次靶标特异性探针结合事件；(d)将所述探针的寡核苷酸B与所述靶标片段的单链化部分中与所述探针寡核苷酸A杂交的部分连接，生产探针-靶标片段杂交体；和(e)检测或富集所述探针-靶标片段杂交体。本发明还提供了在本发明方法中使用的试剂盒。

主权项

用于检测或富集核酸样品中存在的靶标脱氧核糖核酸(DNA)的方法，所述方法包括：(a)使核酸样品片段化，产生包括靶标片段在内的核酸片段，所述靶标片段含有所述靶标DNA；(b)使一个共有的核酸接头或其多个变体以非靶标特异性的方式与所述片段的末端退火，其中退火的接头在所述片段链的3’端和/或5’端与所述片段连接，使得接头仅与下述靶标片段的末端连接，所述靶标片段在另一端在步骤(e)中与探针的寡核苷酸B连接，并且其中所述变体接头彼此差异在于所带有的分子标签和/或在于所述接头与所述片段退火的末端；(c)使包含所述靶标片段的所述片段至少部分单链化，其中所述单链化部分包括末端部分，并且其中所述单链化部分的长度足以允许所述靶标片段的单链化部分的至少一部分与步骤(d)的所述探针杂交；(d)使步骤(c)的至少部分单链化的片段与单个靶标特异性核酸探针的寡核苷酸A和B接触，其中：(i)寡核苷酸A是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸在一端包含含有与所述靶标片段的所述单链化部分的至少一部分在序列上互补的至少10个核苷酸的第一靶标特异性部分，并且在另一端包含含有与所述探针的寡核苷酸B的至少一部分互补的核苷酸序列的第二非靶标特异性部分，和(ii)寡核苷酸B是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸可含有或带有用于检测和/或富集所述靶标片段的至少一种元件，并且其至少一部分，包括一端，与寡核苷酸A的第二非靶标特异性部分在序列上互补，使得所述靶标片段通过与寡核苷酸A的第一靶标特异性部分杂交而变得与所述探针退火，导致每个靶标片段仅发生一次靶标特异性探针结合事件；(e)将所述探针的寡核苷酸B与所述靶标片段的单链化部分中与所述探针寡核苷酸A杂交的部分连接，生产探针‑靶标片段杂交体；和(f)检测或富集所述探针‑靶标片段杂交体。