基于生物小RNA的分子标记的方法

摘要

本发明涉及植物基因工程领域，旨在提供一种基于生物小RNA的分子标记的方法。该方法包括步骤：(1)小RNA序列数据的获得；(2)小RNA序列基因组定位；(3)PCR引物设计；(4)PCR扩增及其遗传多态性检测。本发明是一种新的生物分子标记技术，可应用于动植物和微生物；该标记基于实际表达的小RNA序列直接设计引物，为功能标记；该标记为PCR技术为基础的标记技术，同时该技术会产生几十条PCR产物带，因此也是一种高通量的分子标记技术。本发明可以用于：分子标记辅助选择育种、遗传图谱的构建、重要功能基因的定位和发现、特定性状或疾病的早期诊断早期筛选、亲缘关系判断(如农作物品种混杂、亲子鉴定等)。

主权项

一种基于生物小RNA的分子标记的方法，包括以下步骤：(1)小RNA序列数据的获得提取生物总RNA，然后根据序列长度进行分离，对其中序列长度小于35nt的RNA样品进行测序，得到长度在15～35nt之间小RNA序列；(2)小RNA序列基因组定位将前述小RNA定位到相应基因组上，获得每个特异小RNA在基因组定位位点的数量和与其两端相连序列的数据；(3)PCR引物设计根据在基因组中特异定位位点数量超过1000个的一批小RNA及其两端相连序列设计PCR引物，并通过组合获得引物对，然后通过ePCR进行引物对的筛选；(4)PCR扩增及其遗传多态性检测根据上步获得的引物对，进行遗传作图群体或遗传多态性群体PCR扩增和多态性条带的确定，PCR产物的检测通过普通变性胶或非变性胶检测，或者通过同位素标记技术标记方式进行检测，以提供检测精度和该标记开发的效率。