发明名称 一种基于解链曲线的甲基化DNA检测方法
摘要 本发明涉及一种甲基化DNA检测方法,步骤包括:步骤1,亚硫酸盐处理DNA样品;步骤2,设计并合成PCR引物;步骤3,以标准非甲基化DNA和标准甲基化DNA作为模板分别进行PCR扩增,并测定解链温度;步骤4,对待测DNA样品进行PCR扩增;步骤5,加热PCR扩增产物至标准非甲基化DNA相应的PCR产物的解链温度、和标准甲基化DNA相应的PCR产物的解链温度之间;步骤6,进行消化;步骤7,进行二次PCR扩增并进行解链曲线测定,检测是否存在甲基化DNA。该方法在肿瘤早期检测、个性化治疗、病情判断和复发监控等方面有着重要的意义。
申请公布号 CN102399862A 申请公布日期 2012.04.04
申请号 CN201010283091.6 申请日期 2010.09.16
申请人 上海迦美生物科技有限公司 发明人 王建
分类号 C12Q1/68(2006.01)I 主分类号 C12Q1/68(2006.01)I
代理机构 上海新天专利代理有限公司 31213 代理人 王敏杰
主权项 一种基于解链曲线的甲基化DNA检测方法,其特征在于,步骤如下:步骤1,采用亚硫酸盐处理待测DNA,和标准非甲基化DNA与标准甲基化DNA;步骤2,在所要检测的基因序列中,选择含多个CpG位点的一段序列作为目标检测序列,并以所选序列的5’端的一部分作为正向PCR引物,以所选序列3’端的一段序列的互补序列作为反向PCR引物;步骤3,以亚硫酸盐处理过的标准甲基化DNA和非甲基化DNA作为PCR模板,加入DNA聚合酶,以荧光染料为指示剂,用所述正向PCR引物和反向PCR引物,在实时定量PCR扩增仪中进行扩增,并分别测定扩增产物的解链温度;步骤4,在与步骤3相同的条件下,用所述PCR引物对待测DNA进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;步骤5,将步骤4所得PCR扩增产物进行加热,使加热温度处于标准非甲基化DNA相应的PCR扩增产物的解链温度和标准甲基化DNA相应的PCR扩增产物的解链温度之间;步骤6,立即将步骤5中的加热产物进行冷却,并用单链DNA特异性DNA内切酶将冷却后的体系进行消化;步骤7,将步骤6所得消化产物作为PCR反应模板,使用所述正向PCR引物和反向PCR引物进行实时定量PCR扩增,并进行解链曲线测定;步骤8,判断是否存在甲基化DNA,判断方法为:如果在待测DNA样品中检测到与标准甲基化DNA相应PCR产物相一致的特征性解链曲线,则待测样品中存在甲基化DNA;反之,则不存在。
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