设计不可逆抑制剂的算法

摘要

本申请涉及一种设计与目标多肽共价结合的抑制剂的算法和方法。该算法和方法能用于快速有效地将可逆抑制剂转化成不可逆抑制剂。

主权项

一种设计与目标多肽共价结合的抑制剂的方法，其特征在于，该方法包括：A)提供与目标多肽结合位点结合的可逆抑制剂的结构模型，其中，所述可逆抑制剂与结合位点非共价接触；B)当可逆抑制剂与结合位点结合时，鉴别邻近该可逆抑制剂的目标多肽结合位点上的Cys残基；C)建立与目标多肽共价结合的候选抑制剂的结构模型，其中，每个候选抑制剂含有与可逆抑制剂的可取代位置键合的弹头，该弹头含有反应性化学功能和可选地使反应性化学功能处于目标多肽结合位点上的Cys残基的键合距离之内的连接体；D)确定可逆抑制剂的可取代位置，所述可取代位置使得在候选抑制剂与结合位点结合时，所述弹头的反应性化学功能处于目标多肽结合位点上的Cys残基的键合距离之内；E)对于含有在候选抑制剂与结合位点结合时处于目标多肽结合位点上的Cys残基的键合距离之内的弹头的候选抑制剂，在候选抑制剂与结合位点结合时在结合位点上的Cys残基的硫原子和弹头的反应性化学功能之间形成共价键，其中小于约2埃的共价键长度表明该候选抑制剂是与目标多肽共价结合的抑制剂。