寡核苷酸芯片及其应用

摘要

本发明公开了一种基于biotin-avidin-cy3反应系统的随机引物PCR扩增标记的寡核苷酸芯片，由基片和阵列涂布于其上的CMV、HSVI、RV、EBV或TB病原体探针以及阴性对照、阳性对照、空白对照制成，其中所述基片是表面醛基化修饰的载玻片；所述病原体探针是10条70mer的OMV-1、OMV-2、HSVI-1、HSVI-2、RV1、RV2、EBV1、EBV2、TB1和TB2探针；所述阴性对照为JEV探针；所述阳性对照为合成标记探针；所述空白对照为双蒸水；本发明用随机引物同时对多种病原体靶序列进行biotin-11-dUTP扩增标记，并采用biotin-avidin-cy3信号放达系统增加标记效率的方法进行病原体的检测，检测灵敏度高，检测成本和时间明显缩短。本发明的技术体系能适用于临床检测，卫生监督，海关检疫及科研等领域。

主权项

一种基于biotin‑avidin‑cy3反应系统的随机引物PCR扩增标记的寡核苷酸芯片，由基片和阵列涂布于其上的CMV、HSVI、RV、EBV或TB病原体探针以及阴性对照、阳性对照、空白对照制成，其特征在于：所述基片是表面醛基化修饰的载玻片；所述病原体探针是10条5’端合成有一个氨基、6个CH2碳臂和15个T的寡核苷酸序列的、点样浓度均为10μM的CMV‑1、CMV‑2、HSVI‑1、HSVI‑2、RV1、RV2、EBV1、EBV2、TB1和TB2探针；所述阴性对照为5’端合成有一个氨基、6个CH2碳臂和15个T的寡核苷酸序列的、点样浓度为10μM的JEV探针；所述阳性对照为5’端合成有一个氨基、6个CH2碳臂和15个T的寡核苷酸序列的、点样浓度为10μM的合成标记探针，探针的序列为NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15‑Tamra；所述空白对照为双蒸水；所述芯片的阵列布局如图1所示；其中：上述CMV‑1、CMV‑2、HSVI‑1、HSVI‑2、RV1、RV2、TB1、TB2、EBV1和EBV2探针具体序列为：CMV‑1：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CGTCTCACGGTCTCGGGACTGGCCTGGACGCGTCAGCAGAACCAGTGGAAAGAGCCCGACGTCTACTACA；CMV‑2：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15GAGCGGCAGAAACGGGTGGACGACGAGGTGGTGCAGCGTGAGAAACAGCAGCTGAAGGCTTGGGAGGAGA；HSVI‑1：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15GACAAACCCAACCGTCCCGTAGTCCCATCCCCCGATCCCAACAACTCCCCCGCGCGCCCGGAGACCAGTC；HSVI‑2：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CCCCGCTGTTCTCGTTCCTCACTGCCTCCCCCGCCCTGGACACCCTCTTCGTCGTCAGCACCGTCATCCA；RV1：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CCACCGACACCGTGATGAGCGTGTTTGCCCTCGCCAGCTACGTCCAGCACCCTCACAAGACCGTCCG；RV2：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CCCCGACTGGGCCTCCCCGGTTTGCCAACGCCATTCCCCTGACTGCTCGCGGCTCGTGGG；TB1：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15GCCAACATACCCGCCGAGTTCTTGAAGAACTTCGTTCGTAGCAGCAACCTGAAGTTCCAGGATGCGTACA；TB2：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CTGCCAGACTTACAAGTGGGAACCTTCCTGACCAGCGAGCTGCCGCAATGGTTGTCCGCCAACAG；EBV1：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CGTCCCGTAGTCCCATCCCCCGATCCCAACAACTCCCCCGCGCGCCCCGAGACCAGTCGCCCGAAGACAC；EBV2：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15CCACGACACACTGATGAACACCACCACGATGACTCCCTCCCGCACCCTCAACAAGCTACCGACGATTCTA；所述阴性对照探针具体序列为：NH2‑(CH2)6‑Poly(dT)15GTGCAAACAAGGTTTCACTGATCGTGGGTGGGGCAACGGATGTGGACTTTTCGGGAAGGGAAGCATTGAC。