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顶头孢霉菌发酵过程中代谢物变化规律的分析方法，其特征包括下述步骤：(1)在头孢菌素C生产菌株顶头孢霉菌的发酵前期、中期和后期，各取2 3个取样点取100 300ml发酵液离心，弃上清；(2)沉淀部分加入100 300ml pH值为7.2的磷酸缓冲液，混匀后离心；沉淀细胞于液氮中淬灭以终止细胞的代谢反应，用液氮研磨至细粉状；(3)取步骤(2)获得的细粉状细胞20 80mg置于离心管中，加入0.5 1.5ml 40℃～ 50℃的体积浓度为50％的甲醇水溶液为提取液，并加入10μl～20μl的0.14mg/ml氘标记的丁二酸水溶液为内标物，混匀；置于液氮中反复冻融2 4次，每次冻0.5 2.5min；离心收集上清并冷冻干燥；(4)向步骤(3)获得的冻干样品中加入40 60μl的20mg/ml甲氧基胺盐酸盐吡啶溶液，30 40℃水浴，进行肟化反应60 100min；再加入50 100μl的N 甲基 N 三甲基硅烷三氟乙酰胺，30 40℃水浴，进行硅烷化反应50 70min；(5)用气相色谱 飞行时间质谱联用仪测定样品成分及相对含量：将1μl硅烷化的样品进到气相色谱中，色谱柱为DB 5MS，所述色谱柱的规格为30m×0.25mm i.d.，运用Masslynx软件对样品中的代谢物进行结构预测，对一种代谢物的多种预测结果的质谱图进行分析以最终确定代谢物结构，根据定性结果及保留时间对各样品中的各种代谢物面积进行获取，将每个样品中的各个代谢物峰面积与同个样品中的内标物峰面积相比，得到各个代谢物的相对峰面积，可表示样品中代谢物的相对含量；(6)利用Matlab软件对预处理后的数据进行主成分分析，整体分析各个样品间的代谢差异；利用Expander软件对预处理后的数据进行聚类分析，以分析各个代谢物在样品间的代谢差异；通过代谢物定性，进而对代谢物进行分类，对各类代谢物在发酵过程中的变化规律进行分析。
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