组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法

摘要

一种组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法，有：集成的相互作用网络节点相似性度量；组织特异性相互作用网络的构建模块，包括组织特异性基因相互作用的网络构建、组织特异性转录因子相互作用的网络构建和组织特异性编码蛋白相互作用网络构建；相互作用网络的拓扑分析模块，包括统计网络中各个节点的连接度、统计网络中各个节点的中介度、计算网络中各个节点的紧密性、计算相互作用网络中的最大集团和统计出相互作用网络中的Hub节点；组织特异性功能模块的辨识模块，包括从基因本体数据库和KEGG生物领域知识库中获取相关的组织特异性知识。本发明提供了从遗传信息出发构建相互作用网络的理想方法，并是研究组织特异性内在机制比较理想的分析工具。

主权项

一种组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法，其特征在于，包括：集成的相互作用网络节点相似性度量、组织特异性相互作用网络的构建模块、相互作用网络的拓扑分析模块和组织特异性功能模块的辨识模块；其中，所述的组织特异性相互作用网络的构建模块，包括：组织特异性基因相互作用的网络构建、组织特异性转录因子相互作用的网络构建和组织特异性编码蛋白相互作用网络构建；所述的相互作用网络的拓扑分析模块，包括：统计网络中各个节点的连接度、统计网络中各个节点的中介度、计算网络中各个节点的紧密性、计算相互作用网络中的最大集团和统计出相互作用网络中的Hub节点；所述的组织特异性功能模块的辨识模块，包括：从基因本体数据库和KEGG生物领域知识库中获取相关的组织特异性知识，即相关的组织特异性基因、转录因子和编码蛋白；通过比较目标集合与Gene Ontology和KEGG生物领域知识库的拟合程度，从而实现组织特异性功能分析，对结构组织特异性分析，是通过统计相互作用网络中相似结构的子网来实现。