用于核酸作图和鉴定核酸中的精细结构变化的方法

摘要

本发明提供并列序列标签(GVT)的方法，所述并列序列标签为沿着靶核酸分子群的长度的独特位置标记，所述方法包括：将靶核酸分子片段化以形成靶DNA插入物；将靶DNA插入物与DNA载体或骨架连接，以产生环状分子；用内切核酸酶消化靶DNA插入物，以在离靶DNA插入物各个末端一定的距离切割靶DNA插入物，得到包含与未消化线状骨架连接的靶DNA插入物末端序列的两个GVT；重新环化具有连接的GVT的线状骨架，得到包含具有两个并列的GVT对的环状DNA；和通过核酸扩增或用具有GVT对侧翼位点的内切核酸酶消化，回收GVT对DNA。将粘粒载体提供用于产生可被下一代DNA序列分析仪测序的约45-50kb间隔的GVT对。

主权项

一种用于制备并列序列标签(GVT)的方法，其中沿着靶核酸分子群的长度定位的序列标签对(GVT对)的两个组成成员为限定间隔距离的位置标记或为一种或多种限制性内切核酸酶的两个相邻且可切割的限制性内切核酸酶位点的位置标记，所述方法包括：将大核酸分子片段化以形成靶DNA插入物；将靶DNA插入物与线状DNA骨架在靶DNA插入物的末端克隆位点连接，导致产生包含靶DNA插入物的环状分子；用至少一种在离各个靶DNA插入物末端克隆位点一定距离处切割所述插入物的内切核酸酶消化环状分子内的靶DNA插入物，从而产生包含两个序列标签(GVT)的线状分子，所述序列标签包含靶DNA插入物的末端序列，所述两个GVT中的一个与未消化DNA骨架的各个末端连接；重新环化具有连接的GVT的线状DNA骨架，以产生环状DNA分子，从而产生GVT对，其包含与靶DNA插入物相对方向相同的两个并列的GVT；通过从DNA骨架上的引物位点进行核酸扩增或通过用内切核酸酶在DNA骨架上的且位于所产生的GVT对侧翼的位点处进行消化，分离所产生的GVT对。