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Un procedimiento para determinar la secuencia de nucleótidos de segmento de ácido nucleico desconocido o para distinguir dos secuencias de nucleótidos estrechamente relacionadas, comprendiendo el procedimiento: (a) proporcionar un dispositivo de guía de ondas, comprendiendo el dispositivo de guía de ondas (i) un elemento transparente que tiene un índice de refracción superior al de la muestra de fluido; (ii) un borde receptor de la luz; y (iii) una superficie reactiva que comprende una pluralidad de sitios que tienen oligonucleótido inmovilizado sobre la misma, definiendo dichos sitios una matriz de oligonucleótidos que tiene diferentes secuencias para hibridarse con el ácido nucleico desconocido, no teniendo otras porciones de no sitio de la superficie de dicho elemento oligonucleótidos inmovilizados sobres la mismas; (b) poner en contacto la superficie reactiva bajo condiciones de hibridación con dicho ácido nucleico desconocido en el que dicho ácido nucleico desconocido, tanto directamente como mediante pares de unión análogos intermedios si se desea, está marcado con una marca difusora de la luz; formándose así complejos de marca difusora de la luz unidos a aquellos sitios de la superficie reactiva que son complementarios a la secuencia del ácido nucleico desconocido; (c) iluminar el borde receptor de la luz de la guía de ondas con luz eficaz para crear reflexión interna total dentro de la guía de ondas, iluminándose así simultáneamente toda la superficie reactiva; (d) recoger sustancialmente simultáneamente la luz difundida, si la hay, de cada sitio y de porciones de no sitio de dicha superficie; (e) comparar el grado de difusión de la luz en cada sitio con tanto (i) el grado de difusión de la luz en una porción de no sitio; como (ii) el grado de difusión de la luz en otro sitio; y (f) que comprende además aumentar incrementalmente las condiciones de rigurosidad en la superficie reactiva del dispositivo de guía de ondas parar iniciar la disociación de ácido nucleico unido de los sitios y repetir las etapas (d) y (e) en cada incremento; por lo que diferencias de un único par de bases entre los oligonucleótidos y el ácido nucleico desconocido pueden distinguirse de apareamientos perfectos por diferencias en las propiedades de disociación.
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